Рис. 6. План Ани: а – двойная линия укреплений; б – цитадель; в – собор; г – церковь Святого Григория царя Гагика I; д – церковь Святого Григория Тиграна Оненца; е – церковь Святого Григория Абугамренца; ж – церковь Святых Апостолов; з – церковь Святого Спасителя; и – часовня Пастыря за городскими стенами

После смерти Гагика наступил период быстрого упадка. Соперничество между его сыновьями закончилось разделом, в очередной раз уменьшившим царские владения. Отсутствие сильной руки у руля, так же как единства между отдельными царствами и княжествами, оказалось роковым в то время, когда Византия быстро захватывала все новые земли, а на Востоке появились могущественные враги – турки-сельджуки. Еще в 966–967 годах Византия аннексировала Тарон; византийские силы под командованием имперского военачальника получили сильную позицию на юго-востоке Армении. С приобретением владений Давида II армянское владение иберийских Багратидов также перешло в руки византийцев; оно вошло в состав провинции Апахуник, лежащей к северу от озера Ван, столицей которой стал город Манцикерт. В 1021–1022 годах царь Васпуракана, подвергшийся сильному давлению сельджуков, уступил свое царство Василию II. Этому акту сопутствовало массовое бегство царских вассалов и придворных, а также части населения. Так все восточные и южные провинции Армении стали частью Византийской империи. Остальные царства оказались в опасной ситуации и не могли надеяться долго выдержать возрастающий натиск византийцев, независимо от того, был он прямым или косвенным.

Царь из династии Багратидов Иоанн-Смбат II, опасаясь репрессий за помощь грузинскому правителю, назвал Василия II своим наследником. После его смерти претензии императора были поддержаны провизантийскими элементами в Ани, действующими в первую очередь в собственных интересах. В борьбе, продолжавшейся два года, национальная партия в конце концов одержала верх. Византийские армии были отброшены, и юный князь Гагик был коронован царем (1042). На протяжении трех лет он энергично боролся против вооруженных сил византийцев, эмира Двина, которого подстрекали византийцы, и отразил нападение царя Лори. Однако обманом его завлекли в Константинополь и вынудили отречься. Сопротивление населения Ани и его предводителей оказалось бесполезным. Византийцы овладели городом и всем царством. Вскоре после этого Григорий Магистр уступил свое владение византийцам, а в 1064 году царь Гагик из Карса был вынужден поступить так же. Только маленькие царства Лори и Сюник сохранили некое подобие независимости. Имперская политика аннексий была пагубной не только для Армении, но и для самой Византии. Империя находилась не в том положении, чтобы заменить достаточными вооруженными силами распущенные армянские армии, и это открыло путь туркам-сельджукам в жизненно важные области Малой Азии. Нашествие сельджуков в Армению началось в 1048 году и продолжалось с нарастающей силой. В 1064 году пал Ани, за ним последовал Карс, который не остался надолго в руках византийцев. После поражения византийцев в Манцикерте в 1071 году вся Армения оказалась под властью сельджуков.

Подъем могущества Грузии начался при царе Давиде IV (1089–1125), известном как Строитель, и продолжался во время правления его правнучки царицы Тамары (1184–1213). После освобождения своей земли от сельджуков грузинские правители двинулись в Армению. Освобожденные районы включали территорию Ани, Карс, Лори, Бжни и Сюник, а также важный город Двин. Теперь все северные, центральные и восточные области Армении оказались под сюзеренитетом Грузии и непосредственным управлением армянских или арменизированных феодальных князей. Захариды, главнокомандующие грузинскими и армянскими армиями, стали наиболее могущественными среди новой знати, их владения включали Араратскую долину и окрестности озера Севан. Их резиденция находилась в Ани. Орбеляны, занимавшие аналогичное положение, владели областями Сюника. Другие феодальные князья были вассалами этих двух могущественных родов. Во второй половине XII века и первой четверти XIII, то есть до появления монголов, Армения была практически независимой и процветающей. Следуя примеру первых нахараров, новая знать, так же как и богатые торговцы, такие как Тигран Оненц из Ани, одаривали монастыри и возводили религиозные и светские здания. Литературные занятия, почти прекратившиеся во время оккупации сельджуков, возродились и продолжались даже при монголах.