С мая по сентябрь 1920 года – уполномоченный Рославльского уголовного розыска, а затем в течение нескольких лет – следователь 4-го военно-контрольного пункта ОО Юго-Западного фронта г. Белгорода, оперативный комиссар ОО ГПУ 3-го конного корпуса в г. Мелитополе, следователь ОО ГПУ Харьковского военного округа (ВО), комендант ОО ГПУ Западного фронта в г. Смоленске, оперативный комиссар ОО ОГПУ 1-го Томского конного корпуса г. Мозырь.

В 1923 году стал начальником опергрупп по борьбе с бандитизмом Особого отдела полпредства ОГПУ в г. Смоленске, Крупки, Толочено, в Ферганской долине в г. Коканд, Андижан, Ош, затем в Белоруссии – г. Сенно, Бобруйск.

После окончания московской школы пограничных инструкторов при Высшей пограничной школе ОГПУ его назначают на должность инспектора СОЧ погранохраны ОГПУ в Ереване, а затем начальником ОО ОГПУ 2-го стрелкового корпуса (СК) МВО и помощником начальника отделения ОО ОГПУ столичного ВО.

Дважды с 1930-го – в 1934 и 1938 годах в органах внешней разведки руководил оперативной работой резидентур ОГПУ в Харбине и других районах Китая.

В сентябре 1938 года назначен начальником 1-го отделения 2-го отдела Главного экономического управления (ГЭУ) НКВД СССР.

С августа 1939 года – слушатель Военной академии им. М. В. Фрунзе. Войну встретил начальником Особого отдела 35-го стрелкового корпуса Южного фронта. Потом руководил Особым отделом 34-й армии Северо-Западного фронта, затем – заместитель начальника Особого отдела Крымского и Северо-Кавказского фронтов. В 1943–1945 годах – начальник УКР Смерш Северо-Кавказского фронта, Отдельной Приморской армии этого же фронта и 3-го Прибалтийского фронта. С июня 1945 года – зам. начальника ПГУ МГБ СССР представительства по Балканам в Будапеште.

С июня 1947 года – в Бадене начальник УКР МГБ Центральной группы советских войск и главный советник МГБ СССР в странах Восточной Европы.

В 1950–1951 годы – заместитель начальника 1-го Главного управления (внешняя контрразведка) МГБ СССР. В 1951 году уволен из органов ГБ и арестован по «делу Абакумова». Обвинялся в связях с иностранными разведками и масонской ложей, а также в создании «черной кассы», спекуляции, недостойном поведении в быту и связях с женщинами, имевшими контакты с иностранцами. Но 4 июня 1953 года был освобожден по постановлению Следственной части по ОВД МВД СССР.

После увольнения работал слесарем-мотористом, контролером, старшим инженером, слесарем-испытателем и начальником испытательного цеха на автозаводе им. Лихачева, водителем-испытателем.

Как уже говорилось выше, в начале войны М. И. Белкин руководил Особым отделом 34-й армии. Личный состав этого объединения, несмотря на мужество и стойкость, проявленные в боях под Старой Руссой против превосходящих сил вермахта в составе соединений «Мертвая голова», 3-й моторизованной дивизии, 56-го моторизованного корпуса и 8-го авиационного корпуса, к сожалению, не смог помочь потрепанному 10-му армейскому корпусу. Более того, из-за растерянности командования и потери управления армии и всего СЗФ армия понесла большие потери. На конец августа 1941 года – чуть более 22 тысяч человек. Было уничтожено 74 из 83 танков и 628 из 748 орудий и минометов. Попало в плен около 10 тысяч солдат и командиров. В ходе этой операции немцами впервые была захвачена реактивная установка «Катюша».

Заместителем начальника Особого отдела НКВД армии был молодой подполковник Н. Г. Кравченко, получивший ранение в этих боях. Это тот самый Николай Григорьевич Кравченко, который в 1943 году будет обеспечивать безопасность «Большой тройки» – Сталина, Рузвельта и Черчилля – на Тегеранской конференции и за успехи в оперативной деятельности получит сразу генеральское звание, минуя звание полковника. О нем автором написана книга «Смерш в Тегеране».