Иезуитский орден продолжал подготовку к «обращению» Англии. Один за другим высаживались на английский берег иезуитские лазутчики, тайно проповедовавшие против «еретической» королевы и, главное, занимавшиеся сколачиванием всех сил католической партии, подготовкой новых заговоров в пользу Марии Стюарт, новых восстаний, которые помогли бы намеченному вторжению испанской армии.

Призванным руководителем заговоров был отец Роберт Парсонс, в 1580 г. лично возглавляющий иезуитскую «миссию», которая тайно посетила Англию. Он был главным противником Уолсингема в тайной войне, неутомимо плетя из Рима все новые и новые сети заговоров. Иезуитам удалось даже печатать подпольно в Англии памфлеты против королевы. Парсонс озаботился составлением плана будущего государственного устройства Англии после победы Филиппа и иезуитов. Католические епископы должны были получить право назначать членов палаты общин английского парламента, вводилась инквизиция.

Другими видными руководителями католических заговоров были кардинал Аллен и уэлсский дворянин Хью Оуэн. Эмигрировав, Оуэн, совместно с Парсонсом и Алленом, разработал детальный план вторжения в Англию испанских войск. В течение нескольких десятилетий испанское правительство выплачивало Оуэну приличную пенсию. Дом Оуэна в Брюсселе стал шпионским центром католических держав, боровшихся против Англии.

Борьба была беспощадной. Оуэн и Парсонс однажды едва не попали в руки отряда английских войск, сражавшихся во Фландрии. В другой раз Оуэну и его агентам удалось побудить к дезертирству отряд, состоявший из солдат-уэлсцев, который вдобавок без боя сдал испанцам крепость Девентер. Командир отряда Уильям Стенли стал полковником испанской службы. Его отряд, действовавший во Фландрии, пополнялся за счет эмигрантов-католиков.

В начале 80-х годов иезуиты подготовили очередной заговор с целью убийства Елизаветы и возведения на престол Марии Стюарт. А узнал об этом заговоре Уолсингем на этот раз благодаря счастливой случайности: в 1582 г. английскими властями был арестован лазутчик нового испанского посла, дона Мендоса. У него обнаружили важные бумаги. Вскоре в Шотландии арестовали Джорджа Дугласа – поклонника Марии Стюарт, которому она доверяла выполнение различных поручений. Под пыткой он признался в том, что шотландская королева ведет переписку с католическими державами с помощью французского посла Кастельно де Мовиссьера или людей из его свиты. После этого разведчик Уолсингема Генри Фагот сумел поступить на службу в штат французского посольства и подкупил Шереля – доверенного секретаря посла.

От Фагота Уолсингем узнал, что главным организатором нового заговора стал Френсис Трогмортон. При его аресте были обнаружены списки участников заговора и планы вторжения. Из окна своей камеры в Тауэре Трогмортону удалось выбросить игральную карту с наспех написанными несколькими фразами. Он извещал сообщников, что будет все отрицать, несмотря ни на какие пытки. Однако Трогмортон переоценил свои силы. Пытка и обман (узнику обещали помилование взамен письменного признания) сделали свое дело: в руках правительства оказались все нужные данные. В частности, выяснилось активное содействие заговору со стороны Гизов – родственников шотландской королевы.

За заговорщиками снова стоял испанский посол Бернандино де Мендос. Уолсингем попытался окружить его сетью своих людей. Среди них был и секретарь посла Бергезе. Даже агенты Мендоса не были надежными. Дона Мендоса попросили встретиться с членами Тайного совета. В их присутствии Уолсингем подробно рассказал пораженному испанцу о его участии в заговоре Трогмортона. Послу Филиппа II было предложено в течение 15 дней покинуть Англию.