Уже 25 мая 1918 года турецкие войска заняли Елисаветполь (Гянджу) и стали готовиться к наступлению на Баку. По тем временам – это примерно две недели марша, через Шемаху и Геокчай.

Бакинские армяне – а их было до ста тысяч – оказались заложниками ситуации. Турецкий марш к берегам Каспия обещал новую резню, реки крови. Интересы армянских националистов и большевиков снова полностью совпали, но договориться не удалось. Дашнаки создали свои отряды, большевики – свои, Красную армию. Бежать бакинским армянам было некуда – за спиной море, край земли. Законы стратегии велели выдвигаться навстречу неприятелю, навязывая ему бои на дальних подступах. Так в конце весны 1918 года армянские боевые дружины выступили из Баку в сторону Елисаветполя, чтобы сойтись с врагом на горной дороге в районе городка Геокчай.

Микоян настоял на том, чтобы его направили в действующие части, и был назначен комиссаром 3-й бригады (добровольческой дружины) под командованием дашнака Амазаспа Срванцтяна. В другие бригады были направлены большевики Иван Габишев и Авраам Гулоян.

Амазасп, как следует из признаний самого Микояна, не проявил к нему большого уважения. Между большевиками и дашнаками был возможен лишь временный и шаткий союз, и только на платформе совместного противодействия азербайджанским националистам и турецким войскам. Формально отряд Амазаспа, весьма мощный (более 3 тысяч штыков), входил в состав Красной армии, на деле же действовал самостоятельно.

Амазасп, по всей видимости, просто попытался проигнорировать молодого комиссара.

Бригада заняла город Геокчай, где сходились дороги на Елисаветполь (Гянджу), Мингечевир и Кюрдамир, здесь столкнулась с передовыми частями наступающих турецких войск и заняла оборону. Все важные решения Амазасп принимал самостоятельно, либо в узком кругу старших командиров. Комиссар Микоян не был допущен в этот круг, и по собственной инициативе занялся тыловым обеспечением, подвозом хлеба на передовые позиции. В тех условиях – самое разумное решение.

Однако до масштабного боевого столкновения дело не дошло. Турецкие войска многократно превосходили отряд в численности и стали обходить город с флангов. Под угрозой окружения Амазасп решил отступать в Шемаху.

Микоян описал геокчайский эпизод своей военной биографии достаточно подробно. Это была его вторая война, боевой опыт пригодился. Но, к сожалению, комиссар Микоян не имел опыта штабных интриг. О запланированном отступлении ему никто не сообщил. Когда Микоян в очередной раз приехал в расположение отряда, он увидел колонны солдат, уходящие в тыл, на восток. Комиссар Микоян попытался остановить колонну с оружием в руках. Солдаты вернулись, но на следующий день отступление продолжилось. Попытка поговорить с Амазаспом ни к чему не привела – тот отмахнулся от упрёков молодого комиссара. Обдумав происходящее, Микоян решил, что имеет дело с предательством, верхом добрался до ближайшего телеграфа и отправил сообщение Шаумяну, потребовал привлечь Амазаспа к суду.

Далее произошёл неприятный инцидент, дорого обошедшийся Микояну. Его телеграмма попала в руки секретаря Шаумяна Ольги Шатуновской, молодой девушки, и она, по неопытности, передала текст в редакцию газеты «Бакинский рабочий». 22 июля телеграмма была опубликована. Амазаспу доложили, что комиссар Микоян публично обвинил его в измене. Это было тяжкое оскорбление. Охрана Амазаспа попыталась избить Микояна, чудом дело не дошло до стрельбы. Микоян уехал из отряда и больше туда не возвращался. 25 июля он вернулся в Баку.