Федеральное казначейство – важный орган государственного финансового контроля, который осуществляет учет бюджетных средств на единых счетах, контроль операций по счетам главных распорядителей, распорядителей и получателей бюджетных средств, а также коммерческих банков, производящие операции с бюджетными средствами, и других участников бюджетного процесса в ходе исполнения бюджетов, а также бюджетов государственных внебюджетных фондов. Федеральное казначейство производит операции и осуществляет контроль средств не только федерального, но и региональных бюджетов.

Федеральная таможенная служба (ФТС) осуществляет функции по контролю и надзору в области таможенного дела, органа валютного контроля, по защите прав на объекты интеллектуальной собственности, по проведению транспортного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации. на ФТС возложены обязанности по проведению санитарно-карантинного, карантинного фито-санитарного контроля и государственного ветеринарного надзора в части проведения проверки документов в специально оборудованных и предназначенных для этих целей пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации (специализированные пункты пропуска).

Центральный банк Российской Федерации (Банк России) осуществляет отдельные виды государственного финансового контроля. в соответствии с Федеральным законом от 10.12.2003 № 173-ФЗ «О валютном регулировании и валютном контроле» Банк России осуществляет валютное регулирование и валютный контроль. Кроме того, Банк России является органом банковского регулирования и банковского надзора. Он осуществляет постоянный надзор за соблюдением кредитными организациями и банковскими группами законодательства Российской Федерации, нормативных актов, установленных ими обязательных нормативов. Банк России осуществляет анализ деятельности банковских холдингов и использует полученную информацию для целей банковского надзора за кредитными организациями и банковскими группами,[21] входящими в банковские холдинги. Главными целями банковского регулирования и банковского надзора являются поддержание стабильности банковской системы Российской Федерации.

С некоторыми допущениями, можно утверждать, что Федеральная служба по финансовому мониторингу также осуществляет финансовый контроль. Она выполняет функции по надзору за исполнением организациями и физическими лицами законодательства о противодействии легализации доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма. Мониторингу подлежат крупные банковские, финансовые операции, сделки с недвижимостью и другим ценным имуществом. Установленные законом хозяйствующие субъекты (коммерческие банки, ломбарды, профессиональные участники рынка ценных бумаг и другие) обязаны сообщать в Федеральную службу по финансовому мониторингу данные о вышеназванных названных операциях и сделках.

В рамках совершенствования системы государственного (муниципального) финансового контроля в новой редакции БК РФ перечислены основные методы осуществления государственного (муниципального) финансового контроля: проверка, ревизия, обследование, санкционирование операций и сформулированы их определения.

Проверка – совершение контрольных действий по документальному и фактическому изучению законности финансовых и хозяйственных операций, достоверности бюджетного учета и бюджетной отчетности в отношении деятельности объекта контроля за определенный период.

Ревизия – комплексная проверка деятельности объекта контроля, которая выражается в проведении контрольных действий по документальному и фактическому изучению законности всей совокупности совершенных финансовых и хозяйственных операций, достоверности и правильности их отражения в бюджетной (бухгалтерской) отчетности.