В 1906 г. избран приват-доцентом Московского университета по кафедре патологической анатомии и в том же году назначен сверхштатным ассистентом. В 1906–1908 гг. читал курс патологической анатомии заразных болезней, а с 1908 г. дополнительно и курс бактериологии. Одновременно в 1908–1912 гг. работал прозектором в детской больнице Святой Софии; в 1912–1918 гг. – в Московском генеральном военном госпитале; в 1915–1920 гг. – в Московском воспитательном доме; в 1913–1917 гг. – профессор патологической анатомии и бактериологии в Московском женском медицинском институте; в 1909–1919 гг. – заведующий отделением экспериментальной патологии и испытания сывороток в Московском бактериологическом институте имени Ф. М. Блюменталя, где занимался получением и испытаниями противодифтерийной сыворотки, противотуберкулезным иммунитетом, при этом опубликовав серию работ по бактериологии и серологии, включая весьма ценное, переизданное несколько раз в нашей стране и за рубежом практическое руководство «Патогенные микроорганизмы» [5]; в 1918 г. – заведующий лабораторией Главного военно-санитарного управления Красной Армии и параллельно ученый секретарь медицинского университета; в 1918–1920 гг. – совмещение обязанностей профессора кафедры бактериологии Государственной Московской высшей медицинской школы (бывший Женский медицинский институт, позднее – 2-й Московский медицинский институт) с обязанностями профессора кафедры патологической анатомии медицинского факультета Московского университета. В сферу научных интересов С. С. Абрамова входили общая патология и патологическая анатомия, бактериология, проблемы иммунитета [1].

Следующий этап жизненного и творческого пути С. С. Абрамова начался с эмиграции, поскольку последствия Гражданской войны в России сделали дальнейшую научную работу практически невозможной, тем более что в архивах сохранилась его эмигрантская анкета, где он обосновал свое решение необходимостью продолжить научную деятельность в более способствующих этому условиях. Поэтому в 1920 г. он через советско-польский фронт перебирается в Берлин, где в течение года работает в университетском Патологическом институте, изучая патоморфологию экзантем на материале, обильно поставляемом эпидемиями военных лет, и даже публикует статью на эту тему. В Германии он редактировал русскоязычный журнал «Врачебное обозрение» и сотрудничал с издательством «Врач». Именно это русско-немецкое издательство несколько раз переиздавало его руководство и атлас патогенных микроорганизмов, выпустило в его переводе с немецкого учебник патологической анатомии Г. Шмауса [12]. В этот период выходят его брошюры, посвященные современным проблемам иммунологии и органотерапии как средству омоложения в геронтологии. В эмиграции Сергей Семёнович занимался главным образом изданиями переводных и оригинальных источников – учебников по патологической анатомии, которые он переводил на русский язык. Эти переводные издания направлялись в Россию для русских врачей и студентов и долгие годы пользовались большим спросом у патологоанатомов нашей страны. В 1921 г. С. С. Абрамов избирается ординарным профессором Софийского университета, где основывает первую в университете кафедру общей патологии и патологической анатомии, которой заведует до 1924 г. В Болгарии на болгарском языке публикует «Патологични процеси» – первый в истории этой страны учебник по патологии – и избирается председателем правления Союза русских врачей. В 1921–1923 гг. – член редколлегии и редактор журналов «Врачебное обозрение» и «Врачебный вестник».