Однако многие большевики выступали против участия в выборах и вообще легальной работы. «Бойкотисты» требовали бойкотировать Думу, «отзовисты» – отозвать из нее и других легальных организаций своих представителей (в 3-й Думе в разное время заседали от 13 до 19 социал-демократов, среди них от 4 до 6 большевиков). «Ультиматисты» настаивали на том, чтобы сначала объявить ультиматум фракции эсдеков в Думе чтобы, как писала Крупская, «она с думской трибуны выступала так, чтобы ее вышибли из Думы», а при его невыполнении – отозвать ее из парламента. «Бойкотистов», а потом и «ультиматистов» возглавлял Богданов. Он оказался «левее» Ильича.

Богданов считал, что в «Пролетарии» «бойкотистская точка зрения не находила… никакого выражения». Дело дошло до того, что в знак протеста он вышел из редколлегии, но в «расширенном» составе редакции остался.

И именно в разгар этих споров между ними началась «война» и на философском фронте.

Философские поиски Богданова вызвали неудовольствие Ленина, что неудивительно, ведь он покусился на основу философии материализма и диалектического материализма как части марксизма – на понятие материи. Для «чистого» марксиста-материалиста является аксиомой существование материи независимо от человеческого или какого-либо еще сознания.

Богданов же считал, что философия, разделяющая «материю» и «дух», устарела. По его мнению, окружающий нас мир существует лишь в коллективном (общественном) сознании человечества, «коллективном опыте», который выступает в качестве «творца природы». Он доказывал, что если человечество, изменяя мир, способно к теоретическому исследованию и практическому воспроизводству любого вида материи, то нет никакой необходимости в концепции материи, которая стоит над научным познанием.

К этим выводам Богданова подтолкнула научная революция начала ХХ века, когда вдруг выяснилось, что атомы не являются «конечными» элементами, а состоят из элементарных частиц, когда были открыты радиоактивность, движение материков, новые звезды и галактики и т. д.

В определенной степени он опирался на работы австрийского физика Эрнста Маха (тот считал, что все явления, в том числе и сам мир, являются «комплексами ощущений», и задача науки – лишь описывать эти «ощущения») или немецкого философа Рихарда Авенариуса (он основал учение под названием «эмпириокритицизм», согласно которому не существует реальности вне и независимо от сознания). Поэтому Ленин не случайно называл Богданова «махистом».

Богданов не просто разрабатывал свою философскую концепцию, он еще предлагал соединить эмпириомонизм с марксизмом, заменив в нем философию материализма, а для Ленина это было святотатство вдвойне.

В начале 1908 года вышел в свет сборник «Очерки по философии марксизма» со статьями Богданова и близких к нему философов – Владимира Базарова, Анатолия Луначарского, Павла Юшкевича и др. Ленин назвал «Очерки» «формальным объявлением войны». Максим Горький, который жил тогда на итальянском острове Капри, звал Богданова и Ленина в гости, чтобы помирить их. Ленин сначала отказывался. Однако в апреле 1908 года он все-таки приехал на Капри.

От той поездки остались широко известные фотографии, на которых Ленин и Богданов в окружении Горького, Базарова и других играют в шахматы. По словам Горького, Ленин проигрывал и, «проигрывая, сердился, даже унывал, как-то по-детски». Зато в спорах с Богдановым он был настроен «спокойно, холодновато и насмешливо, сурово отталкивался от бесед на философские темы и вообще вел себя настороженно»: «Шопенгауэр говорит: “Кто ясно мыслит – ясно излагает”, я думаю, что лучше этого он ничего не сказал, – говорил он. – Вы, товарищ Богданов, излагаете неясно. Вы мне объясните в двух-трех фразах, что дает рабочему классу ваша “подстановка” и почему махизм – революционнее марксизма?