Судебное разбирательство в отношении совершивших преступления военнослужащих проводится в военных судах. Юрисдикция этих судов распространяется на воинские части, расположенные в военных гарнизонах вооруженных сил. Специальные военные суды рассматривают в первой инстанции уголовные дела, связанные с воинскими преступлениями и преступлениями, совершенными военнослужащими Вооруженных Сил АР. В составе Военного суда АР также может быть создан суд присяжных.

Суды по делам о тяжких преступлениях являются новыми органами со специальной юрисдикцией и предназначены обеспечить наиболее квалифицированное рассмотрение в первой инстанции тяжких и особо тяжких преступлений. Суд по тяжким преступлениям решает в установленном законодательством АР порядке вопрос о выдаче (экстрадиции) лиц, совершивших преступление, анализирует судебную статистику, изучает и обобщает состояние организации Судебной деятельности, судебную практику, осуществляет иные полномочия. Судебная компетенция этих судов распространяется в соответствии с административно-территориальной юрисдикцией (за исключением Нахичеванской АР). В соответствии с УПК АР[30], в составе судов по тяжким преступлениям предусмотрено создание присяжных.

По закону «О судах и судьях» впервые предусмотрено создание Экономического Суда АР по спорам, вытекающим из международных договоров, который рассматривает в пределах полномочий, определенных законом, дела по экономическим спорам в качестве суда первой инстанции.

Верховный Суд Нахичеванской Автономной Республики, являясь высшей судебной инстанцией автономии, осуществляет правосудие и надзор над общими судами и рассматривает дела в первой и апелляционной инстанциях. ВС Нахичеванской АР состоит из Президиума, из гражданской коллегии, административно-экономической коллегии, уголовной коллегии и военной коллегии. Для рассмотрения дел в коллегиях ВС Нахичеванской АР создаются судебные составы. В состав судей ВС Нахичеванской АР входят председатель суда, его заместитель, председатели и судьи судебных коллегий. Численность судей ВС Нахичеванской АР определяется Судебно-правовым советом.

В соответствии со ст. 132 Конституции АР, Апелляционные суды АР являются судами вышестоящей инстанции по делам, отнесенным законом к их ведению. Суды апелляционных судов АР назначаются Милли Меджлисом АР по представлению Президента АР. Апелляционные суды АР рассматривают отнесенные к их полномочиям гражданские и уголовные дела, а также дела об административных проступках на всей территории страны. При этом приговор или постановление суда первой инстанции не могут быть обжалованы и опротестованы в кассационном порядке, если они не были предметом рассмотрения в апелляционном порядке.

В соответствие с новой судебной системой в 6 регионах страны действуют (функционируют) апелляционные суды. Апелляционные суды, состоящие из 4 коллегий – гражданской, уголовной, военной и административно-экономической коллегий, действуют (функционируют) по соответствующей территориальной юрисдикции (в основу построения системы судов второй инстанции положен принцип экстерриториальности, при котором границы судебных территорий не совпадают с границами административно-территориальных образований). В организации судов Нахичеванской АР, входящей в судебную систему АР было учтено, что Нахичеванская АР находится вне основной территории страны. Так, ВС Нахичеванской АР в отношении судов Автономной Республики является инстанцией апелляции. Решения ВС Нахичеванской АР в кассационном порядке рассматриваются ВС Азербайджанской Республики.