Немало было особенностей и при самой организации учебного процесса. Если в мирное время командирские занятия проводились в специально отведенные для этого дни ежемесячно (кроме месяцев проведения командирских сборов и ротных тактических учений с боевой стрельбой), то в боевой обстановке Афганистана подготовка офицеров, прапорщиков и сержантов осуществлялась в рамках семидневной, а после 1985 г. – двенадцатидневной программы. В этот период командирские занятия (по два с командирами батальонов, рот, взводов) предусматривалось проводить по тактике, разведывательной, огневой, технической, инженерной подготовке, практическому вождению боевых машин. Затем аналогичные занятия проводились с прапорщиками и сержантами. В дальнейшем офицеры получали практику в работе на средствах связи в ходе радиотренировок и командно-штабных учений. Завершалась подготовка тактическими учениями, где командный состав закреплял полученные навыки, получал практику управления боем.

При определении форм и методов командирских занятий исходили из реальных сроков подготовки к различным видам боевых действий. Так, при подготовке к плановой операции командиры и штабы располагали, как правило, 5—10 сутками, к неплановой – 3–5 сутками. При подготовке к засадным действиям и сопровождению колонн им выделялось всего 2–3 суток. Исходя из крайне ограниченного времени, на занятиях главный упор делался на отработку вопросов управления боем. При этом преобладающими формами обучения были групповые упражнения и тактические летучки. Значительно реже проводились лекции, семинары, инструкторско-методические занятия. Основными методами обучения являлись: рассказ, объяснение, показ и упражнение (тренировки). Особое место отводилось практической работе. Такой подход к обучению командиров в ограниченные сроки позволял более эффективно осваивать им то новое и особенное, что было необходимо для проведения конкретных боевых действий.

В период, когда боевые действия не проводились, командирская подготовка осуществлялась на командных занятиях и сборах. Занятия проводились ежемесячно. На них главное внимание уделялось обобщению и внедрению текущего боевого опыта. Сборы проводились один раз в полгода. На них более глубоко изучались недостатки боевой практики, определялись и отрабатывались приемы их ликвидации.

Тематика проводимых занятий, как правило, ориентировалась на характер предстоящих боевых действий. Командиры всех степеней занимались на фоне единой тактической обстановки. Подготовка осуществлялась с учетом задачи подразделения в предстоящем бою. На занятия наряду с общевойсковыми офицерами привлекались представители приданных и поддерживающих частей и подразделений. Это позволяло лучше отработать вопросы взаимодействия и управления.

Исключительно важная роль в деле обучения и воспитания командных кадров 40-й армии отводилась разборам боевых действий. Они проводились: в соединениях и частях – ежемесячно, а при необходимости – сразу же после завершения боя; в батальоне – роте – после каждого боя в трехдневный срок по возвращении в места постоянной дислокации; в более мелких подразделениях – сразу же после завершения боя. На разборе детально анализировалась тактическая обстановка и оценивались действия каждого командира и подразделения при выполнении боевой задачи.

Не менее серьезной была подготовка рядового состава. До прибытия в Афганистан все воины проходили двухмесячную подготовку в соединениях Туркестанского и Среднеазиатского военных округов. Она была направлена на адаптацию человека к сложным климатическим условиям горно-пустынной местности, а также на повышение профессиональных навыков и морально-психологической закалки молодого поколения. По прибытии в Афганистан все военнослужащие проходили дополнительную подготовку в течение одного-двух месяцев в части и лишь после этого включались в боевую жизнь своего подразделения.