А. И. Нагаев принимал с самого начала деятельное участие в образовании Морского шляхетного корпуса и восемь лет был его директором. Собственно, директором Нагаев не был, а управлял на его правах восемь лет. Человек он был решительный, наводил порядки твердой рукой и даже вошел в столкновение с Адмиралтейств-коллегиеи, исключив «за неприлежностью» 60 учеников, «не способных к наукам» и дурного поведения, взамен них принимал новых, направленных из герольдий. Нагаев сформировал новый состав учителей и представил Адмиралтейств-коллегий список морских офицеров: Петр Чаплин, Григорий Спиридов, Харитон Лаптев, Евстафий Бестужев, Иван Голенищев-Кутузов, Егор Ирецкий, Иван Шишков и другие. Этот состав в немалой степени застал и Ушаков.

В 1760 году Нагаева сменил капитан 1 ранга А. М. Давыдов, «привести корпус в должный порядок» Адмиралтейств-коллегия поручила Ф. С. Милославскому, хлопотавшему об увеличении средств, расширении прав директора, об улучшении преподавания иностранных языков, работы типографии и отводе места для корпусного огорода… Моряки должны были сами себя прокормить в то неустойчивое время. Однако в 1762 году деятельность Морского корпуса чуть не прекратилась. Петр III повелел учредить из кадетских корпусов (сухопутного, морского) один, поручив его «в управление Главного директора Ивана Петровича Шувалова». Передача служащих и воспитанников в единый корпус была остановлена через несколько месяцев, уже по восшествии на престол Екатерины. Нет нуж-ды описывать, как довольны были будущие морские офицеры этому и сколь горячо приветствовали решение императрицы, высказанное в Сенате «отделить Морской корпус от сухопутного».

В 1762 году Морской шляхетный кадетский корпус принял под директорство капитан 2 ранга Иван Логинович Голенищев-Кутузов, ставший позднее адмиралом и даже президентом Адмиралтейств-коллегий. Под его началом Кадетский корпус начал расцветать.

Таким образом, Ушаков захватил как бы два периода: когда вообще ставился вопрос о целесообразности существования Морского кадетского корпуса и период его расцвета. Захватил он плац-парадную муштру при Петре III и заботливое желание педагогов и командиров приобщить кадет к самым последним достижениям мореходных наук.

Голенищев-Кутузов оказался недюжинным организатором. Он взялся организовать теоретическое обучение, наладить практические навыки. Пригласил лучших преподавателей, очертил круг их обязанностей. В первую очередь определил обязанности профессора математики и навигации, от которого потребовал «обучать кадет высшим наукам», «учителям давать наставления», а «ученикам большой астрономии читать лекции в математических классах». Из учеников большой астрономии выросли будущие преподаватели, а из математических классов после различных перемен выросли офицерские классы при Морском корпусе (впоследствии Николаевская морская академия).

Кадет обучали французскому, английскому и немецкому языкам, так как «и знание иностранных языков очень нужно для морского офицера в его службе, ибо морской офицер в своей службе имеет частые сношения с иностранцами и, кроме того, для достижения совершенства в своем искусстве должен читать иностранные книги о мореплавании, каких книг на русском языке, кроме самого малого числа их, вовсе нет». До этого обучение языкам велось из рук вон плохо и, по словам И. Л. Кутузова, «от начала корпуса с 1752 года ни единого офицера, знающего иностранные языки, из оного не выпущено». Возможно, и преувеличивал, дабы подчеркнуть свое рвение, новый директор, но доводы его были убедительны, и Адмиралтейств-коллегия увеличила число учителей иностранных языков. Кутузов «демократизировал» корпус, обратившись с просьбой оставить при нем 50 учеников из низших сословий, из так называемой «русской школы». Директор видел в них «рвения великие» и предлагал производить самых способных в учителя, других в типографские служители при Морском корпусе, мастеров для инструментальной мастерской, «адмиралтейства» или «для художеств».