Например, в 1997 г. из 67 федеральных органов исполнительной власти (в начале 90-х гг. XX столетия их количество было более 100) непосредственно Президенту РФ подчинялось 15[97]. В 2003 году деятельность 18 федеральных органов исполнительной власти (из 59) в соответствии с Конституцией России, федеральными конституционными законами и федеральными законами осуществлял непосредственно Президент России[98]. В частности, к ним были отнесены: МВД России, МЧС России, МИД России, Минобороны России, Минюст России, СВР России, ФСБ России, ФСО России, ФПС России, ФСНП России (до 1 июля 2003 г.), ФАПСИ России и некоторые другие.

В связи с произошедшими в марте 2004 г. очередными изменениями в системе и структуре федеральных органов исполнительной власти Президент РФ стал осуществлять непосредственное руководство 20 федеральными министерствами и ведомствами (из 76)[99], из них: пять министерств[100], 12 федеральных служб[101], три федеральных агентства[102].

После официального вступления в должность на второй срок (май 2004 г.) Президента РФ в структуру федеральных органов исполнительной власти были внесены очередные изменения[103]. Он стал осуществлять непосредственное руководство 19 министерствами и ведомствами из 81 существующих, из них пять – федеральные министерства, 12 – федеральные службы, два – федеральные агентства. Часть из них, имеющие собственные вооруженные формирования и наделенные властными полномочиями по применению силовых методов воздействия, получили неофициальное название «силовые структуры».

В соответствии с содержанием Указа Президента РФ от 12 мая 2008 г. № 724[104] Президент РФ осуществлял непосредственное руководство деятельностью следующих 20 федеральных органов исполнительной власти: пяти федеральных министерств[105], 11 федеральных служб[106]и четырех федеральных агентств[107].

В соответствии с Указом Президента РФ № 636 от 21 мая 2012 г.[108]также 20 федеральных органов исполнительной власти находились в непосредственном подчинении у Президента России, из них федеральных министерств – пять, федеральных служб – 11 и федеральных агентств – четыре.

Таким образом, основным предназначением находящихся под непосредственным руководством Президента РФ федеральных министерств и ведомств являются вопросы обеспечения государственной (национальной) безопасности. Такое положение соответствует п. 1 ст. 87 Конституции РФ, согласно которой Президент РФ «является Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами Российской Федерации».

Ключевым полномочием во взаимоотношениях Президента РФ с правительством страны является его право принимать решение об отставке Правительства РФ. Конституция РФ не устанавливает причин, по которым Президент РФ может принять такое решение. Оно может быть принято в силу неэффективности социально-экономической политики Правительства РФ или по иным причинам. Конституция РФ не устанавливает временных и других ограничений для использования этого полномочия Президентом РФ. Президент РФ Б.Н. Ельцин в 90-х гг. XX столетия активно использовал это свое конституционное полномочие.

Президент РФ в целях эффективной реализации полномочий по определению внутренней и внешней политики может создавать (образовывать) соответствующие структуры (комиссии, советы). Для решения возложенных на них задач они наделяются правом запрашивать необходимые материалы от органов государственной власти всех уровней (федеральных и региональных), органов местного самоуправления и от организаций. При необходимости они могут создавать рабочие группы по определенным направлениям с привлечением специалистов и ученых. Например, в целях выработки государственной политики в области формирования и эффективного использования резерва управленческих кадров в 2008 г. была образована Комиссия при Президенте РФ