В современной России продолжается поиск оптимальной системы государственного управления, осуществляемый во всех ветвях власти, в том числе и в исполнительной ветви власти. В 90-х годах XX столетия в ходе не всегда системно проводимых реформ делались неоднократные попытки преобразования министерств из органов государственной власти, занимавшихся в период СССР преимущественно управлением отраслевой хозяйственной деятельностью в органы государственного управления.

В этот период прослеживалась стойкая тенденция, направленная на приспособление прежнего государственного аппарата к решению новых политических, экономических и социальных задач. Это проявлялось уже в текстах указов Президента РСФСР. В них говорилось, что министерства и ведомства РСФСР являются правопреемниками упраздняемых министерств и ведомств СССР.

В 1996 году число министерств было сокращено до 24. Все министерства и ведомства были сгруппированы в девять блоков (экономический, социальный, сотрудничества со странами СНГ, национальной, региональной и правовой политики и т.д.).

Указом Президента РФ от 14 августа 1996 г. № 1176 «О системе федеральных органов исполнительной власти» статус министерств определялся как органов исполнительной власти, проводящих государственную политику и осуществляющих управление в установленной сфере деятельности, а также координирующих деятельность в этой сфере иных федеральных органов исполнительной власти.

Государственный комитет рассматривался как федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий на коллегиальной основе межотраслевую координацию по вопросам, отнесенным к его ведению, а также функциональное регулирование в определенной сфере деятельности.

Иные организационно-правовые формы федеральных органов исполнительной власти (федеральная служба, российское агентство, федеральный надзор) рассматривались как федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие специальные (исполнительные, контрольные, разрешительные, регулирующие и другие) функции в установленных сферах деятельности.

Начиная с 2000 г. значительно изменилась система исполнительной власти страны. Например, появился институт полномочных представителей президента по семи федеральным округам. Это повлекло за собой необходимость нормативного закрепления взаимоотношений между новыми и прежними федеральными органами государственной власти и органами исполнительной власти субъектов РФ[89].

В последующем принятие новой системы и структуры федеральных органов исполнительной власти (март 2004 г.)[90] повлекло за собой не только количественные, но и качественные изменения в их прежнем правовом статусе. Их общее количество возросло с 67 до 81. В тоже время, вместо 24 федеральных министерств осталось 15. Например, в состав ФСБ России[91] вошли бывшие до этого самостоятельными федеральная пограничная служба и ФАПСИ. В ходе административной реформы структурные изменения произошли и в других федеральных органах исполнительной власти. Для действующей до 12 мая 2008 г. структуры федеральных органов исполнительной власти были характерны следующие особенности:

♦ вместо существовавших ранее министерств и ведомств (государственные комитеты, комитеты, службы, агентства, департаменты) организационно-правовыми формами стали федеральные министерства[92], федеральные службы[93] и федеральные агентства[94];

♦ за исключением МИДа России и МЧС России в системы других федеральных министерств входили федеральные службы и федеральные агентства от одного (МВД России) до шести (Минтранс России);