Период наивысшего расцвета Несебыр пережил в эпоху Второго Болгарского царства. Болгарские правители возводили здесь храмы, размерами затмевавшие предшествующие византийские сооружения. Церкви Несебыра – это потрясающая каменная хроника, в которой запечатлелась вся бурная история страны.

О древнейшем храме этого черноморского порта напоминают только остатки стены. Лежит в руинах и церковь Св. Софии, или Старая Митрополия, – ранневизантийская базилика VI в., выстроенная когда-то на месте агоры античного города. Она являлась главной церковью монастыря, разрушенного в Средние века, а позже окончательно затопленного после землетрясения. Это одна из наиболее сохранившихся и значительных построек византийской эпохи на землях Болгарии.

До наших дней от эпохи Средних веков в Несебыре сохранились церкви Св. Стефана (Новая Митрополия, XI в.); Св. Иоанна Крестителя (X–XI вв.); Св. Иоанна Алитургитоса (XIV в.); Свв. Архангелов Михаила и Гавриила (XIII–XIV вв.). Многие из них донесли до наших дней нарядную узорную кладку и изразцовые вставки.

Самая красивая церковь древнего города – храм Пантократора (Христа-Вседержителя) – подлинная жемчужина средневековой болгарской архитектуры, построенная в XIV в. Храм стоит на главной площади Старого города и дошел до наших дней в руинированном состоянии. Сохранились его главный неф и значительная часть колокольни. Этот крестовокупольный храм с пышными украшениями и керамическими розетками-вставками на богато декорированном фасаде – высшее достижение средневековой храмовой архитектуры Болгарии. При сооружении храма был использован новый для тогдашней архитектуры материал – кирпич, орнамент из которого украшает стены храма.

Самым большим средневековым храмом Несебыра является церковь Св. Иоанна Алитургитоса, знаменующая собой апогей несебырского живописного стиля. Эта крестовокупольная постройка, украшенная мраморным рельефным декором, стоит высоко над морем и портом. После освящения в ней, однако, никогда не было богослужений (о чем напоминает название – Алитургитос, т. е. «без литургии»). Для строительства этой церкви средневековые болгарские зодчие использовали белые известняковые квадры и красный кирпич, а для арочных сводов – цветные керамические вставки. Это декоративное убранство, благодаря зрительному эффекту сделавшее миниатюрными все элементы фасада, создает впечатление сложной архитектурной композиции при сравнительно небольших размерах здания.

Здание церкви было сильно повреждено во время землетрясения 1913 г. Зато почти невредимой дошла до наших дней церковь Св. Иоанна Крестителя, возведенная в конце X в. В ней сейчас открыта небольшая художественная галерея, где представлены греческая керамика и пластика, а также экспонаты, относящиеся ко времени турецкого владычества.

Если направиться в сторону порта, то взору откроется храм, возведенный в XIV в. на месте старой епископальной церкви. Вначале он был посвящен Богородице, а потом св. Стефану. За церковью сохраняется и второе ее название – Новая Митрополия. С 1599 г. храм украшает великолепный иконостас. Древнейшие фрески этой церкви (ее неоднократно расписывали заново) не сохранились. Существующие росписи относятся к XVI–XVIII вв. На этих росписях площадью свыше 600 кв. м изображено более 1000 фигур. В центре композиции – образ Богоматери. Изображение Страшного Суда на фасаде церкви, как и портреты ктиторов, датируется XVIII в.

Церковь Христа Спасителя (XVII в.) больше всего напоминает жилой дом, тем более что от нее остался один только неф. Церковь Свв. Архангелов Михаила и Гавриила имеет исключительно живописные фасады. Они украшены декоративными аркадами, расположенными двумя рядами, причем верхний ряд прерывается большими полукруглыми фронтонами.