Однако вера людей в существование неподвластного возрасту правителя и его чудесного царства осталась непоколебимой. С падением владений крестоносцев в Палестине слухи о пресвитере Иоанне утихают, но они возрождаются с появлением авангарда армии Чингисхана в Персии и Армении. Когда монголы в XIII веке вторглись в Палестину, христиане, населявшие остатки государств крестоносцев, верили, что Чингисхан был пресвитером Иоанном, пришедшим спасти их от мусульман. Иногда пресвитером Иоанном считали Торгул-Хана, несторианского правителя, побежденного Чингисханом. Монгольского хана Хулагу также считали то пресвитером Иоанном, то сыном его Давидом, а монголов – христианами.
Справедливости ради стоит отметить, что к этому времени в Средней Азии уже была богатая история христианства. Католические миссионеры, ездившие ко двору Чингисхана в Каракорум, а также позднейшие путешественники в течение долгого времени разыскивали в Азии пресвитера Иоанна. Плано-Карпини отводит ему место в Индии; Рубрук считает его государем разбитых Чингисханом каракиданей, смешивая Чингисхана с Ван-ханом кераитским. Марко Поло находит потомков первого пресвитера Иоанна в лице монгольских князьков, несториан, кочевавших в стране Тянь-дэ, или Тендух, в Орд осе. Монте-Корвино и Одорик Фриульский вторят мнению Марко Поло.
Но поиски заветного царства оказались безуспешными, и потому в 1487 году португальский король Иоанн II командировал Педро да Ковильяна (Петра Ковиллания) и Альфонса Паиву в новую экспедицию. Она прибыла в Абиссинию, где большинство населения исповедовало ориентальное православие монофизитского толка, и признала местного царя пресвитером Иоанном (очевидно, из-за нетипичного для региона христианского вероисповедания).
Вопрос о личности пресвитера Иоанна остается открытым и по сей день. Различные историки придерживаются самых разнообразных точек зрения. Разброс мнений впечатляет.
Гербело считает его Ван-ханом, вождем кераитов, Жербильон – одним из тибетских царей, Лакроз – Далай-ламой, Фишер – несторианским католикосом, Густав Оперт и Царике отождествили его с Елюй-даши, вождем Си-ляо, Брун – с грузином Иване, жившим при Димитрии I, из династии Багратидов.
Л. Н. Гумилев в одной из работ («Поиски вымышленного царства. Легенда о “государстве пресвитера Иоанна”») подробно анализирует всю имеющуюся информацию и отрицает реальность пресвитера Иоанна. Он доказывает, что легенда о царстве пресвитера Иоанна была выдумана рыцарскими орденами Иерусалимского королевства с целью направить Второй крестовый поход в Месопотамию (легенда о сильном союзнике должна была внушить мысль о легкости предстоящего похода).
Итак, если исторические хроники не смогли сообщить нам никаких подробностей об этой личности, то, может быть, какой-то ключ к пониманию мы сможем найти в средневековой поэзии, где также упоминается имя пресвитера Иоанна? Ведь поэт иногда бывает настоящим провидцем, и потому в поэтических образах и символах нередко заключена некая доля истины.
Пресвитер Иоанн упоминается в легендах о Граале и рыцаре Парцифале. По многим деталям видно, что между главой Братства Грааля, которого поэты именуют также владыкой мира, и главой таинственного христианского государства на Востоке существует сходство.
В поэме Вольфрама фон Эшенбаха о Парцифале имя пресвитера Иоанна упоминается лишь однажды, да и то в самом конце поэмы. Там сказано, что пресвитер Иоанн – сын Фейрефица, сводного брата Парцифаля; что он, будучи священником, является и царем Индии, и что все цари Индии, наследующие трон после него, принимают это имя. Таким образом, правители этой сказочной индийской страны наследуют имя Иоанн из поколения в поколение.