На Кавказе террорист принимал участие в подавлении антисоветских мятежей и сдружился с Берией. В 1922 году Якова отозвали из Академии РККА и направили в секретариат наркома по военным делам для выполнения особых поручений Л. Д. Троцкого. В октябре 1923 года Ф. Дзержинский перевел террориста в иностранный отдел ОГПУ на должность главного инструктора государственной внутренней охраны Монголии и руководителя советской разведки в Тибете, Монголии и северных районах Китая. Новый начальник очень скоро подмял под себя всю советскую миссию в Улан-Баторе и жил в свое удовольствие. В первую очередь его интересовали женщины, кокаин, алкоголь и новые авантюрные приключения.

В 1924 году Москва попыталась разгадать тайну страны чародеев Шамбалы, расположенной, согласно легенде, в глубине Азии, в труднодоступных горах на границе Индии, Афганистана и Тибета. Большевики, а позже и руководители фашистской Германии хотели овладеть уникальными знаниями и получить доступ к неисчерпаемым источникам психотропной энергии для управления большими массами людей. Кремлевская верхушка мечтала устроить в Тибете социалистическую буддийскую федерацию как один из эпицентров мировой революции. Началось все с Блюмкина, который еще в 1918 году случайно побывал в Петрограде на лекции ученого-биолога, автора мистических романов Александра Васильевича Барченко и захотел сам стать первым обладателем секретных знаний Шамбалы. Для этого он разработал план и стал претворять его в жизнь.

В ноябре 1924 года Яков Григорьевич в Москве сообщил Барченко, что его опыты по телепатии заинтересовали органы ОГПУ, и попросил написать отчет об этом на имя Дзержинского. Главный чекист России, заинтригованный устным рассказом террориста, передал документы сотруднику секретного отдела ВЧК Я. Агранову. В личной встрече ученый рассказал тому не только о своих опытах, но подробно изложил теорию существования замкнутого научного коллектива в Центральной Азии и проект установления контактов с обладателями его тайн. Агранов был потрясен. Дело завертелось, была создана нейроэнергетическая лаборатория (один из главных государственных секретов Советской России). Она занималась всем: от гипноза, НЛО и «снежного человека» до изобретений, связанных с радиопеленгацией. Перед учеными лаборатории для начала ставилась цель: научиться посредством телепатии читать мысли противника на расстоянии, снимать информацию с мозга собеседника взглядом, управлять поведением толпы. Параллельно занялись поисками Шамбалы, на экспедицию в Гималаи правительством были выделены огромные по тем временам деньги – 600 тыс. долларов. Посредством интриг Яков сумел столкнуть лбами две враждующие группировки ВЧК и сделать так, чтобы вместо огромной экспедиции послали в Тибет его одного с имеющимися секретными документами и картами. Отдел иностранной разведки в строжайшей тайне поручил Блюмкину отыскать загадочную Шамбалу и установить с ней контакт с целью использования ее непревзойденных знаний и умений для мировой революции. Сам же Яков хотел стать единоличным обладателем уникальных навыков для управления людьми.

17 сентября 1925 года «монгольский лама» присоединился к экспедиции художника и философа-мистика Николая Константиновича Рериха. Она двигалась в район предполагаемого нахождения Шамбалы. Лама Блюмкин незаметно наносил на карту тропы, погранпосты, заграждения, коммуникации, высоты, метраж участков дорог. Вместе с экспедицией террорист посетил более 100 тибетских святилищ и монастырей; преодолел 35 высокогорных перевалов, в том числе перевал Дангла, который считался неприступным. Но достичь таинственной страны магов Якову не удалось. То ли ее не существовало вовсе, то ли на картах была нанесена неполная информация, то ли простым смертным туда не добраться. Впоследствии все причастные к поискам Шамбалы были расстреляны.