Весной 1972 года полиция Германии провела грандиозную операцию, в ходе которой было задействовано совершенно невероятное количество агентов – свыше 150 000. Полторы тысячи из них были отправлены во Франкфурт-на-Майне – туда, где, предположительно, скрывался Баадер. Вскоре агентура обнаружила явку главы «Красной армии».

1 июня 1972 года, в семь утра, его арестовали возле гаражей, выстроенных на пустыре рядом с жилым массивом, где террористы хранили оружие. Снайперы, изображавшие рабочих, занятых озеленением территории, потихоньку обыскали гаражи, заменили боеприпасы и взрывчатку муляжами и стали дожидаться хозяев склада. Боевики появились рано утром. Баадер и Майнс вошли в помещение, а Распэ остался в машине. Он оказал отчаянное сопротивление полиции при задержании и успел выпустить почти обойму патронов по «рабочим», но уйти все же не смог. Оставшиеся два террориста решили использовать для прорыва хранившееся в гараже оружие, но обнаружили вместо боеприпасов лишь безобидные игрушки. Для того чтобы ускорить процесс обсуждения «красноармейцами» сложившегося положения, полиция применила гранаты со слезоточивым газом. После использования такого убедительного аргумента в пользу выхода из помещения, Баадер попытался уйти, отстреливаясь из находившегося при нем пистолета. Почти сразу лидер «партизан» получил пулю в ногу и был вынужден сдаться. Майнсу это «свежее» решение пришло в голову значительно раньше – он даже не пытался сопротивляться группе захвата. (Позднее правоохранительные органы использовали этого подручного Андреаса в качестве особо ценного свидетеля.)

Итак, Баадер, Распэ и Майнс были отправлены в тюремные камеры крепости «Штаммгайм» под 24-часовое наблюдение. Несмотря на то что вина обвиняемых не была еще доказана, уже в период следствия к ним относились как к важным государственным преступникам и содержали в одиночных камерах, под потолком которых круглосуточно горели мощные лампы. Спустя шесть дней за решетку угодила и Гудрун Эннслин, которую арестовали в магазине модной одежды. 15 июня к «красноармейцам» присоединилась и Майнхоф. Поначалу Эннслин пыталась объявить голодовку, однако результатом этого акта стало лишь то, что через месяц террористку перевели на принудительное питание.

В 1975 году, после трех лет предварительного заключения, начался знаменитый Штаммгаймский процесс над основателями и руководителями «Красной армии». Баадеру предъявили обвинение в пяти убийствах, 55 покушениях, серии грабежей и поджогов. Здесь прокурор явно скромничал: специалисты утверждали, что подсудимому можно смело инкриминировать организацию 100 покушений, в ходе которых 39 человек было убито, а 75 – ранено, и участие в большинстве этих террористических актов. Но судебный процесс буквально топтался на месте еще в течение целого года: от обвиняемых не могли добиться ни одного показания, а Андреас Баадер напрямую заявлял, что он сам и его друзья отказываются признавать законность данного суда. Неизвестно, сколько продолжалось бы такое противостояние, если бы у Эннслин не сдали нервы. Женщина признала свою причастность к серии убийств. Андреасу и его «соратникам» больше не имело смысла запираться. Спустя четыре дня после того, как подруга главы «партизан» стала давать показания, Майнхоф повесилась в собственной камере.

Еще в октябре 1974 года Баадер достаточно ясно дал понять полиции, что складывать оружие он не собирается. Лидер «красноармейцев» передал на свободу свое распоряжение избежавшим ареста подчиненным. В частности, они должны были приступить к захвату и уничтожению «сильных мира сего». В течение трех последующих лет приказ Баадера активно претворялся в жизнь его сторонниками: ими было проведено большое количество похищений и убийств крупных политиков, бизнесменов, чиновников. В 1977 году террористы предприняли попытку обменять Баадера на одного из таких заложников и, получив отказ, убили его, подчеркнув серьезность своих намерений. Кроме того, в поддержку требований боевиков, ратовавших за освобождение главы «Красной армии», на Мальорке был захвачен аэробус с немецкими пассажирами.