«Преподобный учитель» был задержан почти через два месяца после теракта в метро, утром 16 мая 1995 года, в результате полицейского рейда в 130 местах на территории страны. Он был найден после 5-часового поиска в деревне Камикуисики, в потайной комнате здания, принадлежавшего «Аум Синрикё». Асахара находился там один и на момент ареста занимался медитацией. Сопротивления полиции он не оказывал.

После ареста Учителя активизировались и российские последователи Асахары. Глава отделения «Аум Синрикё» во Владивостоке Дмитрий Сидачев с двумя сообщниками готовил ряд террористических актов в городах Токио, Саппоро и Аомори. Позже, на суде, он признался в незаконном приобретении, хранении и транспортировке взрывчатых веществ и оружия на территорию Японии с целью проведения терактов, которые должны были, по его мнению, заставить японское правительство освободить Сёко Асахару и других лидеров секты из тюрьмы. Сидачев был приговорен российским судом к восьми годам лишения свободы.

Вскоре после теракта в токийском метро деятельность религиозной организации «Аум Синрикё» была официально запрещена, по решению суда был наложен арест на все банковские счета и принадлежавшую ей недвижимость – земельные участки общей площадью 136 тыс. кв. метров, 16 зданий в десяти префектурах страны. По состоянию на 1995 год имущество секты оценивалось не менее чем в 29 млн долларов. В марте 1997 года японские власти приступили к демонтажу объектов, принадлежавших организации, решено было временно сохранить всего три здания, в которых сектанты занимались производством отравляющих веществ и бактериологического оружия, поскольку они еще могли понадобиться следствию.

Судебный процесс по делу Сёко Асахары продолжался в течение восьми лет. Всего перед судом предстали 189членов секты, 11из которых были приговорены к высшей мере наказания. Асахаре было предъявлено обвинение в 17 преступлениях, в том числе в похищении и убийстве людей, а также в организации двух террористических актов с применением отравляющего газа – в Токио и префектуре Нагано. Его адвокаты всеми средствами пытались убедить суд снять обвинения, доказать, что Асахара осуществлял только миссию духовного руководителя, а теракт – дело рук рядовых членов «Аум Синрикё», и даже списать организацию теракта 20 марта на убитого Хидэо Мураи. Сам же главный обвиняемый ко всему происходящему относился с полнейшим безразличием. По свидетельствам участников процесса, он «либо смотрел с отсутствующим взглядом в одну точку, либо тихо бормотал себе под нос какие-то бессвязные фразы, либо засыпал прямо на скамье подсудимых».

Приговор лидеру «Аум Синрикё» был вынесен в Токио 27 февраля 2004 года. У здания окружного суда собралась более чем четырехтысячная толпа родственников и друзей жертв теракта 20 марта, тщетно пытаясь прорваться в зал заседаний, рассчитанный всего на 36 мест. Обвинительная речь прокурора заняла четыре часа. Приговор судьи звучал так: «Он обвиняется в попытке стать правителем Японии путем создания секты “Аум Синрикё”, вставшей на путь вооруженной борьбы. Он обвиняется в убийствах людей, пытавшихся противостоять его заговору. Он заслуживает высшей меры». Сёко Асахара слушал стоя, безразлично глядя в одну точку, казалось, что в своих мыслях он где-то очень далеко и не ему сейчас выносят смертный приговор, который осуществляется в Японии через повешение.

Адвокаты Асахары подали апелляцию в Верховный Суд Японии, и не исключена вероятность замены смертной казни пожизненным заключением, но, учитывая отношение к организатору самого масштабного теракта в Японии его сограждан, эта вероятность ничтожно мала. Сейчас «Преподобный учитель» ожидает в тюрьме окончательного вердикта, но, если судить по его поведению, ему все равно, каким он окажется.