Это был период гонений на верующих и период испытания веры. Несмотря на тяжелые условия содержания, Агапия старалась соблюдать пост и непрестанно молилась. В тюрьме, где ее содержали, находилось много священников. Их судьба была изначально предрешена. Каждую ночь уводили по пять-шесть человек, и они больше не возвращались. Наконец, в камере осталось только трое: священник с сыном и Агапия. Предчувствуя свою участь, священник и сын отслужили по себе панихиду – отпели сами себя… Ночью их увели, и девушка осталась одна. Это был страшный и в то же время благостный миг: неслышно отворилась дверь, и Агапия увидела, как в камеру вошел апостол Петр. Он-то и вывел ее через черный ход к морю. Тюремные врата закрылись так же беззвучно, как и открылись. И только очнувшись от щелчка захлопнувшегося замка, Агапия поняла, что она на свободе. «Беги», – сказал Апостол, указал рукой в сторону моря и стал невидим. Одиннадцать суток шла Агапия без пищи и воды, лезла по отвесным скалам, срывалась, падала, поднималась, снова ползла, раздирая руки до костей. С тех пор на руках у нее остались глубокие шрамы, которые видели многие верующие. Возможно, тогда матушка посетила великого иерусалимского старца иеросхимонаха Феодосия, который жил под Новороссийском в поселке Горный (бывшая станица Крымская). Об этом сама матушка сказала: «Я у Феодосия был, я Феодосия видел, я Феодосия знаю». Возможно, что старец благословил ее на великий подвиг юродства…

Старица часто вспоминала о своем чудесном избавлении и в благодарность особо чтила день памяти апостолов Петра и Павла, часто молилась у иконы апостолов в Демиевской церкви… И еще – она стала носить на груди рядом с нательным крестом ключи и ключики разных размеров – это были своеобразные вериги…

Во время Второй мировой войны Агапия попала на принудительные работы в Германию и работала на каком-то заводе. После трудного дня она ночами читала Псалтырь, который знала наизусть, и молилась за женщин, у которых дома остались дети или родители. А еще у Агапии появилась дивная сила: она брала за руку кого-нибудь из узниц выводила ее… за колючую проволоку, минуя охрану с собаками. Никто не мог понять, каким образом исчезают десятки людей. Позже она говорила: «Подойду ночью к сетке, разрежу ее и всех выпушу, все уйдут и живы останутся, и никто не знал, куда они девались». А в память о каждом спасенном ею человеке вешала себе на шею ключик, маленький или большой, беленький или желтый. Эту тяжелую связку матушка носила на шее до самой своей смерти. Тонкий крепкий шнурок впивался в тело, оставляя глубокий синий рубец. А однажды из лагеря так же ушла и сама «крестница апостола Петра», благополучно перебралась через линию фронта и пешком пошла в Клев… Однажды на дороге повстречала нескольких мужчин… Испуганная, бросилась к стогу сена, прижалась к нему спиной и стала усердно молить Матерь Божию защитить ее. Бандиты бегали вокруг стога, ругались: «Да куда же она девалась, ей же и укрыться негде!» Так и ушли ни с чем, а Агапия посмотрела на себя и увидела, что «она вся светлая, вся одежда на ней белая, руки белые… Матерь Божия защитила, скрыла от бандитов, небесным светом одела», потому они ее и не увидели.

Агапия добралась в освобожденный Клев, в котором прожила до смерти. Христа ради юродивая Агапия была принята в Клево-Печерскую лавру, и архимандрит Кронид при постриге в монашество дал ей новое имя – Алипия. Он же благословил ее на подвиг столпничества. Паломникам, приходившим в Лавру, Алипия запомнилась тем, что почти три года прожила в глубоком овраге, ночуя в дупле дерева, в котором можно было стоять только полусогнувшись. Для многих верующих так и осталось загадкой, как матушке удавалось сохранять свою внешнюю чистоту, красоту и привлекательность, не имея крыши над головой… Она всегда была в чистой одежде и аккуратно причесана. Всех поражал и необыкновенно глубокий, теплый, ласковый и любящий взгляд ее светло-серых глаз. «Когда было очень холодно, я заходил в коридор к монахам погреться. Иной пройдет, даст хлеба, а другой прогонит… Но я на них не обижался», – вспоминала впоследствии блаженная старица. Когда же зимой снег наметал такие сугробы, что из дупла нельзя было выбраться, старица не шла в церковь, а отец Кронид сам пробирался к ней и приносил сухарей. Проводя ночи в дупле большого дерева в течение трех лет, не имея пищи, она никогда не роптала, не просила милостыни – питалась тем, что люди давали…