Так или иначе, но 21 августа 1785 года графа арестовали и заточили в Бастилию. Вскоре состоялся суд. С помощью опытных адвокатов итальянец успешно выстроил защиту. Сильным его местом было алиби: передача ожерелья произошла 29 января 1785 года, а граф прибыл в Париж только на следующий день. Правда, обвинение доказывало, что он состоял в интенсивной переписке с де Роганом и мог бы управлять аферой на расстоянии. Да и в столицу он успел приехать за несколько часов до того, как граф де Ла Мотт отбыл в Лондон. Но разрушить построений защиты обвинение не сумело. Калиостро был оправдан за недостатком улик и на некоторое время стал народным героем как жертва режима. Людовик XVI на следующий же день после суда прислал ему предписание в 24 часа покинуть Париж, а в течение двух недель и пределы королевства. Граф уехал, предварительно прокляв правящую чету и предсказав, что Бастилия вскоре падет. Не прошло и десяти лет, как Бастилия была сметена Французской революцией, а король и Мария Антуанетта казнены.

Калиостро вернулся в Италию в 1789 году, поскольку такая психологически напряженная жизнь утомляла даже этого необыкновенного человека. Все чаще жаловалась на усталость и Лоренца. Она мечтала вернуться в свой родной Рим, и супруг уступил ее просьбе. Поначалу граф занимался врачеванием и оккультными науками, но позже заскучал и предпринял попытку создать тайную масонскую ложу египетского обряда. В этом он не видел для себя большого риска, поскольку среди масонов числились очень многие князья церкви. Но Великая французская революция очень напугала духовенство, и священнослужители стали спешно покидать масонские ложи. Вскоре Папа Римский объявил масонов дьявольской сектой. По доносу Великий Копт и его супруга были схвачены как еретики и колдуны и заточены в замок Святого Ангела. Судебный процесс был долгим. Графа обвиняли одновременно и в магических упражнениях, и в масонской деятельности. Причем инквизиторы долго не могли решить, то ли считать Калиостро настоящим магом, связанным с нечистой силой, то ли лжемагом, то есть мошенником. В результате его обвинили и в том, и в другом. Говорили также, что большую помощь следствию оказала Лоренца, которая давала показания против мужа. Правда, ее саму предательство не спасло: она была приговорена к пожизненному заключению в монастыре, где и умерла, пережив мужа всего на несколько дней. До сих пор ходят слухи, что ее призрак бродит по площади Испании и горько сожалеет о содеянном.

Приговор, вынесенный графу, заставлял вспомнить самое жуткое Средневековье: сожжение на костре. Калиостро воспринял решение суда с редким равнодушием, что впоследствии дало фантастам возможность предполагать, что это был не сам граф, а его искусно сделанный двойник. За час до казни Папа Римский заменил приговор пожизненным заключением. Существует легенда, что сразу после суда в Ватикан явился чужестранец, потребовавший личной аудиенции у папы. Вместо имени он передал понтифику через кардинала-секретаря некое слово. Гостя немедленно приняли, но аудиенция длилась всего несколько минут. Едва чужестранец покинул дворец, папа отдал распоряжение отменить смертную казнь. 7 апреля 1791 года в церкви Санта-Мария состоялся ритуал покаяния, после которого Калиостро препроводили в замок Сан-Лео в горах Тосканы. Здание было построено на вершине огромной отвесной скалы, так что преступников приходилось доставлять в камеры в специальном ящике, при помощи веревок и блоков.

Калиостро провел здесь четыре года. И тут не обошлось без мистики: по свидетельствам очевидцев, он умудрился без каких-либо инструментов превратить ржавый гвоздь в прекрасный стальной стилет. После этого испуганные стражи заковали неутомимого мага в цепи. Сторожить такого заключенного было делом беспокойным. Тюремщикам приказали проявлять особую бдительность. Но четыре года, проведенные в тесном сыром каменном мешке, все же доконали «бессмертного» графа. Великий маг и авантюрист умер 26 августа 1795 года и был погребен без отпевания и креста. Причина его смерти – еще одна загадка. Возможно, к летальному исходу привела пневмония. Но некоторые источники говорят о яде, подсыпанном тюремщиками. Не исключено и то, что заключенный был попросту задушен охранником по неизвестным истории причинам… За сутки до смерти граф раздал всем сторожам по рукописному экземпляру своего завещания и наказал, чтобы его похоронили в Палермо, в родовом склепе. Через день Калиостро нашли бездыханным, приготовили к похоронам и повезли в указанное место, но по прибытии ни склепа, ни кого-либо, знавшего об этом семействе, не обнаружили.