Здесь перекрещивались речной торговый путь по Роне и сухопутный маршрут, соединявший Испанию с Италией. Авиньон издавна с выгодой для себя использовал это удобное положение, благосостояние его жителей росло еще и благодаря тому, что с 1129 года город являлся самоуправляемой коммуной. Этот статус Авиньона подтвердил в 1161 году император Фридрих Барбаросса. Главой города номинально являлся авиньонский епископ, но реально власть находилась в руках городского совета в составе 8 человек. Для обсуждения важных вопросов созывалось общегородское собрание, которое собиралось у подножия лестницы Св. Анны, соединявшей берег Роны с кафедральным собором Нотр-Дам.

Однако вспыхнувший конфликт между Раймондом VI, графом Тулузским, и королем Франции Людовиком VIII опрокинул порядок вещей. Коммуна Авиньона решительно выступила на стороне графа Тулузского. В июне 1226 года к городу подошла армия французского короля, и 12 сентября, после трех месяцев осады, город сдался. По условиям сдачи городские укрепления были разрушены, 300 авиньонских рыцарей казнены, а самые знатные горожане взяты в качестве заложников. Эпоха самоуправления завершилась, и с 1229 года Авиньон перешел во владение герцогов Анжуйских.

К началу XIV столетия город уже оправился от этих событий. В Авиньоне насчитывалось от 4 до 8 тыс. жителей, его снова окружало двойное кольцо мощных крепостных стен, под защитой которых находились резиденция епископа, 7 церквей, замок рыцарей-госпитальеров, несколько женских монастырей и университет (1303). Позднее Авиньон перешел в собственность королевы Иоанны Неаполитанской, которая усыновила герцога Людовика Анжуйского. Папа римский Климент VI (1342–1352) выкупил у нее Авиньон за 80 тысяч золотых флоринов.

Когда папа Климент V в 1309 году прибыл в Авиньон, у него еще не было намерения остаться здесь навсегда. Выбор Авиньона в качестве постоянного места жительства пап стал результатом политических соображений. Оставаться в Риме, раздираемом конкурирующими кланами, взрывающемся постоянными бунтами и восстаниями, было невозможно.

72 года Авиньон носил гордое прозвание «Второго Рима». Некоторые из современников поспешили назвать этот период «вавилонским пленом», «авиньонским пленением» пап, но позднейшие исследователи оценили его значение гораздо глубже. Так, по мнению венгерского историка Е. Гергея (Е. Гергей. История папства. М.,1996), «оказаться в „вавилонском плену” принудил пап не Филипп IV… Как раз наоборот, папство само нашло себе приют под охранительным крылом французской великой державы, чтобы под ее защитой еще больше укрепить свою абсолютистскую верховную власть внутри церкви».

Во времена пребывания папского двора Авиньон превратился в культурную, духовную, экономическую и политическую столицу западнохристианского мира, в один из самых населенных и богатых городов средневековой Европы. К середине XIV века численность его населения выросла до 40 тыс. чел. Облик Авиньона начал неудержимо меняться, в нем возобладал новый стиль – готика. Архаичный, ставший провинциальным романский стиль уходил в прошлое. На берегу Роны поднялся величественный папский дворец, город украсили новые храмы, дворцы, дома, госпитали. В 1355 году началось строительство новых оборонительных сооружений, которые превратили Авиньон во вторую по значению (после Парижа) крепость Франции. И сегодня, несмотря на прошедшие века, центр Авиньона представляет собой один из самых больших и полных готических ансамблей Европы.

Памятником периода расцвета Авиньона вот уже на протяжении шести столетий остается великолепный дворец римских пап – одно из лучших творений готической архитектуры в Европе, «наиболее красивая и мощная обитель в мире», как написал о нем средневековый хронист.