После тяжелой болезни, перенесенной в январе 1809 г., Клаузевиц в феврале покидает службу адъютанта при принце Августе. Он был произведен в капитаны и переведен в военное министерство и, таким образом, должен был прекратить работу у Шарнгорста. Когда Австрия вела войну против Франции, он так же, как и Шарнгорст и Гнейзенау, страстно желал, чтобы Пруссия выступила на помощь Австрии. Хотя все обстоятельства благоприятствовали этому выступлению и Пруссия со своей 100-тысячной армией могла сыграть решающую роль, прусский меч продолжал оставаться в ножнах. Клаузевиц предвидел возможность того, что Наполеон потребует от Пруссии военной помощи против Австрии. В случае если бы она согласилась на это требование, он хотел сражаться не против своего немецкого отечества, но против Франции под знаменами Австрии.

Однако политические события сложились так, что ему не пришлось покинуть прусскую службу. После заключения Венского мира между Австрией и Францией в октябре 1809 г., когда двор из Кенигсберга возвратился в Берлин, Клаузевиц стал начальником канцелярии Шарнгорста. Когда последний вследствие недоверия к нему французов был отстранен от официального руководства военным министерством (июнь 1810 г.) и остался только начальником генерального штаба и шефом инженерного корпуса, Клаузевиц остался при нем доверенным лицом.

Будучи переведен в генеральный штаб и получив чин майора (в августе 1810 г.), он берет на себя осенью того же года преподавание штабной службы во Всеобщей военной школе. Его работы, относящиеся к этому периоду, показывают, что он уже в это время вполне уяснил себе теорию войны, которую он впоследствии развил в своем основном труде.

В последующий период Клаузевиц, посвященный в самые сокровенные мысли Шарнгорста, разрабатывает планы войны. Важнейший из них относится к февралю 1812 г.; он имел заглавие «Три признания». В первом «Признании» он бичует малодушие, трусость и тупоумие тех, кто без серьезного напряжения надеется на лучшие времена в будущем. Во втором «Признании» он рассматривает политическое положение и говорит о невозможности доброго соглашения между Пруссией и Францией, если только Пруссия не хочет дать уничтожить себя. В третьем «Признании» он говорит о возможности и способах сопротивления. Особенно он здесь останавливается на вопросе об организации ландвера и о значении ландштурма. Какие большие силы придется напрягать врагу, чтобы обезопасить свои коммуникационные линии против ландштурма! Ненависть к врагу и любовь к отечеству побудили автора написать следующие слова: «Дело в том, чтобы за жестокость платить жестокостью, на насилие отвечать насилием. Тогда нам будет легко превзойти врага и заставить его держаться в границах умеренности и гуманности». Ссылаясь на кровопролитную гражданскую войну в Вандее во время революции, Клаузевиц указывает, что ландштурм может действовать не только в горных, но также в лесных и болотистых местностях, которые имеются в Пруссии.

Эти «Три признания» были как бы прощальным словом Клаузевица. Когда Пруссия в феврале 1812 г. все же заключила союз с Наполеоном, он, как и другие выдающиеся люди, вышел из состава прусской армии, чтобы поступить на русскую службу. В пламенных словах в опубликованном им обращении к обществу он заявил, что для него и его товарищей невозможно служить врагу своего отечества, которого они ненавидят от всей глубины души.

2 мая 1812 г. Клаузевиц отправился в Россию. Шарнгорст, пользовавшийся большим влиянием на Александра I, дал ему блестящие рекомендации. Однако он не занял штатной должности в том русско-немецком легионе, который должен был сформироваться под командой изгнанного герцога Петра Ольденбургского. Клаузевиц стал адъютантом генерала фон Пфуля, вюртембержца, перешедшего после Иены с прусской службы на русскую. В походе 1812 г. Клаузевиц участвовал в боях под Витебском и Смоленском в качестве квартирмейстера графа Палена, а потом в свите генерала Уварова в сражении при Бородино, но вследствие незнания русского языка он не мог содействовать операциям. Наконец, находясь в штабе графа Витгенштейна, он принимал участие в операциях между Двиной и Березиной и в дальнейшем преследовании французской армии. Большую заслугу он приобрел себе тем, что в декабре 1812 г. побудил генерала Йорка (который был подчинен французскому генералу Макдональду) заключить с русским генералом Дибичем договор о нейтралитете. Благодаря этому русское преследование могло теперь распространиться до прусской Вислы, и Наполеон не получил возможности оказать здесь длительное сопротивление, при наличии которого дело вряд ли могло бы дойти до Прусского восстания в 1813 г. Какой опыт извлек военный критик из своего участия в этой грандиозной кампании 1812 г., показывают его произведения.