На некоторое время в стране воцарился мир. Но уже в 590 г. Египет захватил финикийские города Тир, Сидон и Газу, а также спровоцировал Иудею на новый мятеж против Вавилона. Навуходоносор сумел оттеснить войска фараона Априя к прежним границам и вновь осадил Иерусалим. Осада длилась почти два года. Вавилоняне возвели осадные валы и башни вровень с городскими укреплениями, подвели тараны, но только летом 586 г. им удалось сломить героическое сопротивление иудеев, пробить брешь в стене и ворваться в город. Эти события ярко описаны в Библии:

«Вавилонские войска разрушили стены города Иерусалима и сожгли дома жителей и царский дворец. Иудейский царь Седекия пытался убежать через сад, но войско Халдейское погналось и настигло его. И заколол царь Вавилонский сыновей Седекии перед его глазами, и всех вельмож Иудейских заколол. А Седекии выколол глаза и заковал его в оковы, чтобы отвести его в Вавилон» (Иеремия 39:1-12). Иерусалим был разрушен до основания, Иудейское царство ликвидировано. Иудея стала провинцией Вавилонской державы. Тысячи жителей Иерусалима были уведены в так называемый «вавилонский плен иудеев».

После этого Навуходоносор воевал с Тиром, который героически оборонялся почти 13 лет и сдался на милость победителя только в 574 г. до н. э.

Однако постоянные жестокие войны были не единственным занятием великого тирана. Годы правления Навуходоносора II стали периодом наибольшего могущества и великолепия Вавилона. Ученые предполагают, что население города доходило до 200 тыс. чел. Величие и красота его потрясли «отца истории» Геродота: «Вавилон был не только большим городом, но и самым красивым из всех городов, которые я знаю». Город представлял собой вытянутый прямоугольник площадью 10 квадратных километров и окружностью 80 километров. Подобная площадь могла вместить в себя Лондон и Париж начала XX века. Евфрат делил его на две части: «Старый город» и «Новый город».

При Навуходоносоре Вавилон превратился в неприступную военную крепость. Город был обнесен мощными стенами из сырцового кирпича, для скрепления которого использовался, по свидетельству Геродота, природный асфальт из реки Ис. В Вавилоне были улицы протяженностью в 5 км и больше. Стены домов достигали двухметровой толщины. В домах были ванные комнаты. Помимо обводной стены, окружавшей всю городскую округу, сам город был обнесен пятью рядами стен толщиной от 3,3 до 7,8 метра и высотой с трехэтажный дом с зубчатыми башнями и восемью воротами, носившими имена богов. Стены башен были облицованы изразцами и рельефами в виде желтых драконов («мушрушей») и диких быков. Все ворота были из чистой меди. Наиболее важное значение имели ворота Иштар – через них пролегала «процессионная дорога» шириной 7,7 метра к храму главного вавилонского божества Мардука – к Эсагилу. Сама эта дорога была вымощена плитами известняка и красной брекчии, а стены перед воротами облицованы синим глазурованным кирпичом, на котором были наложены рельефы, изображающие шествие львов – белых с желтой гривой и желтых с красной. Эсагила был главным храмом Вавилона. Это древнее святилище было построено еще в III тыс. до н. э. и разрушено Синаххерибом. Навуходоносор восстановил храм и украсил его огромной золотой статуей. Рядом с храмом находился семиярусный зиккурат Этеменанки («храм краеугольного камня небес и земли») – знаменитая «Вавилонская башня». Построил зиккурат зодчий Арадаххешу. Размеры башни были 90 × 90 × 90 м. Вот что говорит о ней Геродот: «На последней башне воздвигнут большой храм. В этом храме стоит большое, роскошно убранное ложе и рядом с ним золотой стол. Никакого изображения божества там нет. Да и ни один человек не проводит здесь ночь, за исключением одной женщины, которую, по словам халдеев, жрецов этого бога, бог выбирает себе из местных женщин. Жрецы утверждают, что сам бог иногда посещает храм и проводит ночь на этом ложе». Вавилонская башня в древности считалась одним из чудес света. Всего, по литературным источникам, в Вавилоне было 53 храма.