Септимий Север получил от сената утверждение в императорском звании. Он разоружил и распустил преторианцев и выгнал их из города, заменив своими войсками. Отныне преторианская гвардия стала комплектоваться из наиболее отличившихся солдат провинциальных легионов.

Еще при правлении Дидия Юлиана, разочаровавшись в нем, граждане Рима и многие сенаторы склонялись к тому, чтобы власть перешла к Песцению Нигеру. Только быстрота действий Септимия Севера и медлительность Песцения помешали этому, но Песцений не сдавался. Получив признание в Египте, он переправил передовые войска в Европу и занял Византий. В ответ Септимий Север заключил договор с Клодием Альбином, дал ему титул цезаря и верховное командование в Британии, Испании и Галлии, а сам отправился в поход против Песцения Нигера. В хрониках об этой войне сказано скупо, но точно известно, что была она отнюдь не быстрой и легкой. Песцений был опытным полководцем и пользовался большим уважением и авторитетом в Восточных провинциях и в Африке. И, что весьма существенно, его поддерживала Парфия.

Тем не менее в 194 г. в решающем и кровопролитном сражении войска Песцения Нигера были разгромлены. Сам он бежал к парфянам, но был настигнут и убит. Север жестоко расправился со сторонниками Нигера, проведя массовые казни и конфискации имущества. Затем он двинулся против парфян и занял Месопотамию до Тигра. Но войну пришлось остановить, поскольку в 196 г. Клодий Альбин при тайной поддержке все того же сената провозгласил себя августом и вступил в Галлию. Север прямо с Востока через дунайские провинции двинулся против Альбина. Решающая битва произошла в феврале 197 г. в Галлии у города Лугдум. Клодий Альбин был убит, а его армия разгромлена. И здесь Север жестоко расправился с противниками. Убивали не только сторонников Клодия, но и всех влиятельных и богатых людей.

После этого Септимий Север вернулся в Рим, где были казнены видные сенаторы и влиятельные люди, в чьей лояльности он сомневался. Император в честь своих побед устроил гражданам Рима три триумфа с богатыми раздачами хлеба, масла и денег. Не забыл он и обещаний, данных армии и провинциям: повысил жалованье, увеличил награды, разрешил носить золотые украшения, а в некоторых легионах и заключать законный брак. Солдатам, находившимся в постоянных лагерях на Рейне и Дунае, разрешалось арендовать и обрабатывать землю, принадлежавшую их легионам. Север объявил должность примипила (высшую центурионскую должность, до которой мог дослужиться рядовой солдат) всаднической, тем самым открыв способным солдатам путь на самый верх не только в военной, но и в гражданской службе. Север сделал вывод из междоусобных войн и впредь не давал своим полководцам командовать значительными силами. С этой же целью Британия и Сирия были разделены на 2 провинции каждая.

Проведя реорганизацию в армии, в том же 197 г. Север снова отправился на Восток. Пока он воевал в Галлии, парфяне вернули себе утраченные позиции в Месопотамии. Новая война длилась около трех лет. В 198 г. Север оттеснил парфянские войска за Тигр и взял Селевкию и Ктесифон. После этого был заключен мир: парфяне снова отдали Месопотамию. Два следующих года Север провел в Сирии и Африканских провинциях. В результате многие провинциальные города стали получать освобождение от некоторых повинностей, другим были даны права римских колоний, а Александрия получила муниципальное устройство.

С 202 г. Север находился в основном в Риме и занимался реформами имперского управления. Сенат при нем потерял всякое значение. Его законодательная деятельность ограничивалась заслушиванием и утверждением соответствующих посланий императора. Назначения на выборные должности проводил сам Семптимий, да и роль этих должностей была сильно ограничена. Напротив, значение императорских чиновников сильно выросло.