Достаточно масштабная схема организации, по мнению ОГПУ, включала в себя низовые группы вредителей на шахтах и рудоуправлениях в Шахтинском районе; среднее звено – директорат треста «Донуголь» в Харькове; высшее звено – руководящих работников угольной промышленности в столице; политическое руководство – «Торгпром», имевшее контакты с Варшавой, Парижем и Берлином. Так что этот процесс стал заметным событием в истории всей страны, само понятие «шахтинцы» с того момента использовалось в прессе и различных политических документах как имя нарицательное, для обозначения так называемых «вредителей», а периферийный городок Шахты в глазах общественности превратился едва ли не в эпицентр борьбы с вредительством в СССР.

Судебный процесс по «Шахтинскому делу» был открытым; на него по приглашениям прибыли сотни журналистов и более 30 000 зрителей, которые оказывали на суд мощное эмоциональное воздействие. Помимо государственных обвинителей, в зале присутствовали также 42 общественных обвинителя и 15 адвокатов. Первое заседание по «Шахтинскому делу» состоялось в Колонном зале Дома Союзов 18 мая 1928 года; закончился же процесс, длившийся 41 день, только в конце июня. Интересно, что и в зале суда многие подсудимые (23 человека) продолжали упорно отрицать свою причастность к каким бы то ни было противоправным действиям и не желали признавать себя виновными по оглашенным пунктам.

Приговоры Верховного суда под председательством недоброй памяти прокурора Вышинского никогда не отличались особой оригинальностью. Не стало исключением и «Шахтинское дело». Подручные Вышинского демонстрировали потрясающую необъективность, считая верными только те свидетельства, которые подтверждали обвинение. Да и вообще прокуроры стремились не допустить ненужных свидетелей на процесс, на проведение технических и других экспертиз. Собственно, обвинения были построены на признательских показаниях отдельных подсудимых и на оговорах друг друга.

Судебное присутствие выделило две группы «врагов», достойных расстрела. Так, Матов, Братановский, Будный, Юсевич, Кржижановский и Бояршинов обвинялись не только во вредительстве, но и в шпионаже. А Горлецкий, Березовский, Шадлун и Казаринов были объявлены лидерами и идейными вдохновителями подрывной организации. Эти 10 человек получили высшую меру наказания, 39 других – разные сроки лишения свободы (трое из них отделались условными сроками). Только четверо подсудимых были оправданы. Позднее шестерым смертникам Президиум ЦИК СССР изменил меру наказания на 10 лет лишения свободы. А Николай Кржижановский, Николай Бояринов, Семен Будный и Адриан Юсевич 9 июля 1928 года были расстреляны. Но по стране еще долго гулял миф о доброте «товарища Сталина», который в последний момент вмешался в ход процесса и помиловал всех осужденных…

«Шахтинское дело» тем временем превратилось в «передовое достижение советской юриспруденции»; наспех сколоченная правительственная комиссия в составе Томского, Молотова и Ярославского выехала на Донбасс для политработы. Высокопоставленные лица весьма старались отыскать что-либо похожее на «заговор» в Шахтинском округе в других местах, при этом очень удивляясь отсутствию диверсий и вредительств. На местах начальство поняли верно, начав «подставлять» неугодных или неудобных старых специалистов. А в прессе вовсю муссировали «генеральную линию» правительства, воплощенную в словах главы государства: «Вредительство имело и продолжает иметь место не только в угольных районах, но и в сфере производства металла, и в сфере военной промышленности, и в НКПС. Шахтинцы теперь сидят во всех отраслях промышленности. Многие из них выявлены, но выявлены не все». Так что в газетах самыми популярными стали рубрики «Вредители индустриализации», «Методология и практика вредительства». Рабочие, подключенные к обсуждению репрессий, требовали усилить ответственность технических работников за любые неполадки на производстве, а в сообщениях НКВД указывалось, что, по мнению рабочих, «всех инженеров нужно расстреливать без суда»…