В тот период во Франции существовали 3 или даже 5 командорств ордена Храма. Они объединяли 4 тысячи тамплиеров. Однако по документам число обвиняемых не превышало тысячи. Что сталось с другими, неизвестно. Возможно, они погибли от пыток в заключении, кому-то, возможно, удалось спастись.

Храмовников обвинили в надругательстве над крестом, идолопоклонстве и содомии. Узников помещали каждого отдельно, под надежной охраной. Предполагалось двойное расследование: королевским судом и инквизицией. Однако до королевского суда дело не дошло. Инквизиция прекрасно справилась со своими обязанностями. Тамплиерам предложили признать обоснованными все обвинения, а в случае отказа угрожали пыткой. За чистосердечное же признание им обещали полное прощение. При этом их называли не обвиняемыми, а «свидетелями, поклявшимися говорить правду о себе и о других».

19 октября 1307 года Гийом Парижский начал следствие. Известно, что он и два его помощника использовали пытки, угрозы и обещания. Только в одном Париже в течение месяца было замучено 36 тамплиеров. Очень скоро инквизиторы убедили подследственных, что те никогда не выйдут из застенков живыми, если не подчинятся обвинителям. Тамплиеры пали духом и начали давать нужные инквизиторам показания. Их «свидетельства» записывали нотариусы и подписывали специально приглашенные свидетели.

Уже после 11 дней заключения Жак де Моле признался в отречении от Христа и фактах оплевывания креста, но отверг другие обвинения. Пыток к нему не применяли. Повидимому, он надеялся на защиту папы. Однако Климент V, узнав о признаниях де Моле, поверил в виновность храмовников и издал приказ об арестах тамплиеров во всех странах Европы и конфискации их имущества.

Обвинения тамплиеров в ереси, отрицании божественной сущности Христа, видимо, были справедливы. Известно, что с 1136 года в соответствии с Уставом храмовники могли принимать в свои ряды рыцарей, отлученных от церкви за святотатство, ересь, богохульство и убийство. Поэтому к ним примкнула значительная часть гонимых церковью последователей ереси катаров, которые отрицали божественность Христа, одобряли самоубийство и т. п. Очевидно, многое из своих тайных доктрин тамплиеры почерпнули на Востоке. В то же время поражает разница в показаниях подследственных. С 11 апреля 1309 года по 26 мая 1311 года было допрошено 225 тамплиеров: рыцарей, приоров, священников и слуг. Из них без всяких пыток 107 тамплиеров признали, что во время вступления в орден отреклись от Христа, однако они плевали не на крест, а в сторону; 16 человек утверждали, что во время их посвящения они ни с чем подобным не сталкивались; 153 отрицали, что им разрешалось мужеложство, чтобы не грешить с женщинами. Однако 72 признали, что получали такие рекомендации, но ими не воспользовались; 219 свидетельствовали, что никогда никаким идолам не поклонялись. Эти и многие другие факты, изложенные в документах процесса, толкуют по-разному. С одной стороны, утверждают, что тамплиеры были просто запуганы и клеветали на себя, чтобы получить обещанную свободу или избежать страшной казни на костре. С другой стороны, предполагают, что не все братья ордена имели одинаковую степень посвящения. Большинству были не известны многие его тайны, поэтому и говорить им было не о чем. Именно эти противоречия и стали главной почвой для мифологизации истории тамплиеров. В то же время среди подследственных оказались и такие, которые выдержали страшные пытки и настаивали на том, что все обвинения являются клеветой.