Карл I с этим смириться не мог. Он издал декларацию о защите короны от парламента и о формировании королевской армии. После неудачной попытки 4 января 1642 года арестовать пять наиболее влиятельных парламентариев по обвинению в государственной измене Карл вынужден был покинуть столицу. Он рассчитывал на поддержку провинций.

В стране установилось двоевластие. В июле 1642 года палата общин приняла постановление о создании собственной армии, а Карл I в августе того же года объявил парламенту войну. Это стало началом гражданской войны 1642–1646 годах. На стороне короля были отсталые в экономическом отношении северные и западные графства, а также англиканская церковь. За парламент ратовали экономически развитые юго-западные, а также отдельные промышленные и торговые районы центра и севера Англии.

Сначала преимущество было на стороне хорошо обученной королевской армии. Однако в 1645 году оппозиционеры создали постоянную армию с единым командованием и суровой дисциплиной. Во главе армии парламента встал талантливый политик и полководец Оливер Кромвель. Ему удалось создать военные формирования, которые заслужили славу лучших в Европе.

14 июня 1645 года в битве при Несби новая армия парламента разгромила королевские войска. Королю удалось бежать в Шотландию, но противник захватил не только артиллерию, боеприпасы и королевские знамена, но также и секретную переписку королевского кабинета, которая сыграла большую роль в ходе последовавшего вскоре судебного процесса.

Шотландцы оказались ненадежными союзниками. За 400 тыс. фунтов стерлингов они выдали Карла парламенту. С этого момента король стал узником. Сначала местом его пребывания был избран Херсткасл. Сторонники короля готовили побег. Его племянник, принц Руперт, должен был освободить дядю из замка. Однако к тому времени Карла успели перевезти и заточить поближе к Лондону (в Виндзорском замке). По дороге к Виндзору во время остановки в Бэгшоте, поместье лорда Ньюберга, гостеприимный хозяин хотел предоставить своему королю одного из лучших скакунов, которыми славились его конюшни. В этом случае никакая погоня не смогла бы догнать Карла, если бы тот решился на побег. Но начальник стражи Гаррисон предусмотрительно велел отдать рысака одному из солдат конвоя. А в Виндзоре узник был переведен на более строгий режим содержания: число его слуг было сокращено; оставшиеся должны были доносить обо всем, что могло способствовать побегу. Дверь в помещение, где находился Карл, постоянно охранялась. Запрещались все свидания, а прогулки ограничивались террасой замка.

К этому времени решение о суде над королем было уже принято. Политическая ситуация в стране складывалась следующим образом. К власти пришла радикальная политическая группировка индепенденты во главе с Оливером Кромвелем. Эта политическая партия выражала интересы радикального крыла буржуазии и нового дворянства (джентри). Она насильственным путем добилась большинства в палате общин. 23 декабря этой палатой было принято постановление – оно назвало короля главным виновником всех несчастий в стране, которая действительно испытывала огромные трудности, связанные с гражданской войной и ее последствиями. Был назначен специальный комитет, который должен был разработать процедуру суда над Карлом I.

Не только в практике английского судопроизводства того времени, но и вообще европейского, подобных прецедентов не было. Поэтому комитет учредил особую судебную коллегию, а палата общин 28 декабря 1648 года вынесла постановление о суде над королем.