Не изменило зодчим чувство пропорции и во внутреннем пространстве портала. Четыре монолитные мощные колонны несут хорошо прорисованные, надломленные в вершине арки, поддерживающие перекрытия девяти секций, среди которых особо выделяются центральный сталактитовый свод и плоский орнаментированный потолок средней южной секции.

Кстати, сплошной каменный свод, декорированный нависающими друг над другом сталактитами, высеченными из камня, является прекрасным образцом архитектуры подобного рода. Сразу над квадратом карниза идет ряд кронштейнов в виде острых трилистников, на которые опираются выступающие вершинами вперед сомкнутые сводики, украшенные направленными друг другу навстречу трилистниками. В первом ряду между кронштейнами они самые широкие. Следующие ряды состоят из чередующихся ребристых кронштейнов, опирающихся на вершины нижележащих сводиков и тромпов со своеобразной нервюрой в середине. Они несут сомкнутые сводики такого же вида, как и в нижнем ряду. Переход к окну, венчающему свод, совершается плавно, без нарочитого подчеркивания.

Почти одновременно с сооружением притвора строители углубились в толщу туфобрекчии (мелкозернистой горной породы, легко поддающейся обработке), изваяв в ней в два яруса несколько помещений, которые и по сей день вызывают неподдельное изумление у многочисленных посетителей своими архитектурными формами и богатой скульптурной отделкой.

Две северные двери по сторонам ниши ведут из притвора в высеченные в скале помещения первого яруса. Через левую дверь можно пройти в небольшую церковку, вырубленную в скале во времена правления князя Авага, примерно в середине XIII в., на месте древней пещеры.

В плане купольная церковь представляет собой неполный крест без южного крыла, которое нельзя было изваять из-за недостаточной толщины оставшейся скалы, выходящей в притвор. Вверху – сталактитовый свод с окном; по рисунку он напоминает свод притвора и не уступает ему по изумительной тонкости резьбы. Свод несут две пары перекрещивающихся арок, которые опираются на полуколонны, выступающие из стен центральной части церкви. Три крыла, открывающиеся в центральную часть между колоннами, имеют вид глубоких сводчатых ниш, окаймленных наверху вычурными арками.

Восточное крыло занято алтарной апсидой, убранной полуколонками и арочками, орнаментированными наподобие сталактитов; в северном устроены два бассейна для воды, которая струится из подземного родничка, еще с языческих времен пользующегося особым почитанием у женщин, лишенных радостей материнства.

На месте южного крыла в стене высечены три небольшие ниши. Они разделены полуколонками, опоясанными тонкой резьбой.

Внизу скала имеет светло-серый оттенок, переходящий к своду в теплые тона, что в сочетании с более ярким освещением наверху особо рельефно выделяет дуги арок и веера сталактитов.

Правая дверь ведет в сумрачный притвор-усыпальницу, слабо освещенную через отверстие в вершине усеченного восьмигранного шатра, венчающего своды помещения. Прямо перед входом – лоджия с массивным столбом, от которого перекинуты арки к стенам. Здесь, вероятно, были похоронены строитель князь Прош и члены его семьи, так как из надписи в алтаре главной церкви видно, что именно он соорудил в Гегарде фамильную усыпальницу.

Над арками всю стену занимает строгий барельеф. В тени под сводом изображена рогатая голова животного, которая держит веревки, охватывающие шеи двух львов с повернутыми к входящему головами. Между ними в проеме вырезан орел с полураскрытыми крыльями, держащий в лапах ягненка. Полагают, что вся эта скульптурная группа представляет герб княжеского рода Прошьянов, владевшего Гегардом с конца первой половины XIII века.