Перед отъездом за границу Гоголь в последний раз встречался с А. Пушкиным, с подачи которого начал работу над «Мертвыми душами», ставшую отныне главной в его творческой судьбе. Чем дальше она продвигалась, тем более грандиозными представлялись Гоголю ее масштабы и более спорными – задачи. Написанные еще в России первые три главы поэмы за границей тщательно перерабатывались. Гоголь бесконечно переделывал каждую вновь написанную страницу. Он жил в Риме настоящим затворником, встречаясь только с узким кругом близких ему людей (художниками А.А. Ивановым и И.С. Шаповаловым, В.А. Жуковским, композитором И.М. Виельгорским, поэтом Н.М. Языковым и др.). И лишь в периоды депрессий, участившихся после гибели Пушкина, и последовавшей вскоре кончины И. Виельгорского Гоголь отрывается от работы, чтобы уехать для лечения на воды в Баден-Баден или короткого отдыха – в Женеву и Париж. К лету 1841 г. первый том «Мертвых душ» был готов, а в следующем году он вышел в свет в Москве с некоторыми купюрами, после чего писатель опять уехал за границу.

Это последнее пребывание в Европе ознаменовалось окончательным переломом в душевном состоянии Гоголя. Следует сказать, что и до этого у него проявлялось немало разного рода «странностей»: частая смена настроения, депрессии, религиозный мистицизм, постоянные переживания по поводу своих болезней, которые во многом были обусловлены мнительностью. Если к этому добавить характерные для писателя замкнутость и пророческий тон в общении с окружающими, то становится понятно, почему знакомые и друзья давали Николаю Васильевичу контрастные характеристики. По словам С.Т. Аксакова, «лирико-художественная» натура писателя находилась в вечном движении, в борьбе с человеческим несовершенством, в «самоосуждении» и поэтому «ускользала не только от наблюдения, но даже от понимания людей, самых близких Гоголю».

Духовный кризис писателя наиболее отчетливо стал проявляться с 1845 г., когда у него возник замысел книги «Выбранные места из переписки с друзьями». В ней Гоголь хотел собрать все, о чем писал своим друзьям в 1845 и 1846 гг. Но книга на всех, в том числе и на друзей писателя, произвела тяжелое впечатление своим тоном пророчества и учительства, проповедью смирения, за которой, впрочем, просматривалось крайнее самомнение автора, осуждением его прежних трудов, в которых русская литература видела «одно из своих лучших украшений». Высшая степень негодования, возбужденного «Выбранными местами», выразилась в известном письме В. Белинского, на которое Гоголь не сумел ответить.

Еще одним проявлением перелома в мировоззрении Гоголя стало сожжение им в середине 1845 г., в минуту тяжелого раздумья, первоначальной редакции второго тома «Мертвых душ». Ему казалось, что содержание книги должно быть иным, что он наконец понял, как надо писать, чтобы «устремить все общество к прекрасному». А еще он считал, что не может продолжить работу над книгой, не исполнив своего давнишнего намерения поклониться Святому Гробу Господнему в Иерусалиме. Однако и осуществление этой поездки не принесло душевного успокоения: «Еще никогда не был я так мало доволен состоянием сердца своего, как в Иерусалиме и после Иерусалима, – говорил Гоголь. – У Гроба Господня я был как будто затем, чтобы там на месте почувствовать, как много во мне холода сердечного, как много себялюбия и самолюбия».

Продолжая работу над вторым томом «Мертвых душ», писатель понял, что описывать русскую жизнь можно, только живя посреди нее и изучая ее. И в 1848 г. Гоголь окончательно вернулся в Россию. Последние годы жизни он подолгу жил в домах друзей – А.О. Смирновой, С.Т. Аксакова, А.П. Толстого, семейства Виельгорских. С последними Николая Васильевича связывала не только давняя дружба, но и сердечная привязанность к Анне Михайловне Виельгорской. По словам В. Соллогуба, она, «кажется, единственная женщина, в которую влюблен был Гоголь». Действительно, сохранилось свидетельство о том, что Николай Васильевич в 1850 г. сделал ей предложение, но оно было отклонено.