В университете Вернадский вступил в студенческое научно-литературное общество, секретарем которого был Александр Ульянов. Это впоследствии несколько отразилось на отношении к Вернадскому властей, для них он оставался человеком достаточно подозрительным, ведь жизнь свою он вечно связывал с разными неблагонадежными, революционно настроенными людьми. Владимир Иванович не мог не участвовать в общественной жизни страны. Эти принципы он полностью перенял у отца.

Кроме общества, Вернадский с друзьями создал и своеобразное братство. В него вошли братья Ольденбурги, Шаховский, Гревс и другие. Главными принципами братства были честность, дружба, взаимопомощь. Научные интересы у членов братства были различны, но моральные принципы – одни. Много времени молодые люди проводили вместе, выезжали на дачу, обсуждали проблемы, книги, идеи… Большое влияние на умы «побратавшихся» оказывали идеи Льва Толстого. Друзья сохранили прекрасные отношения на всю жизнь.

Во время одних посиделок в братстве Вернадский встретился с Натальей Егоровной Старицкой – дочерью прогрессивно настроенного адвоката. Вскоре они поженились и прожили вместе более 56 лет.

В 1885 году Вернадский окончил университет и был назначен хранителем минералогического кабинета Московского университета. Владимир Иванович с обычным своим рвением занялся классификацией и систематизацией материала, но в это время его уже интересовала далеко не узкая наука минералогия. Он всю жизнь занимался несколькими темами параллельно. Дома выстраивались шкафы, в которых были рассортированы материалы по минералам, кристаллам, химии; потом для разных наук были выделены разные письменные столы, разрасталась картотека. Вернадский внимательно знакомился со всей доступной научной литературой, отмечал порой, казалось бы, совершенно ненужные ему статьи, аккуратно переписывал данные об издании на карточки. Боковой карман сюртука ученого вечно был оттянут стопкой очередных бумажек с такими записями. Количество прочитываемого им за день не намного уменьшилось и впоследствии.

В 1887 году у Вернадских рождается сын Георгий. (Владимир Иванович в свое время посоветует ему заниматься историей, и Георгий станет профессором русской истории в Йельском университете США.) А через год Владимир Вернадский отправился в научную командировку, традиционную для соискателей профессорского звания. За границей Вернадский работает в химических и кристаллографических лабораториях Мюнхена и Парижа, совершает геологические экспедиции, участвует в Лондонском геологическом конгрессе и избирается членом-корреспондентом Британской ассоциации наук. Там же в Англии он получает приглашение преподавать в Московском университете.

В России Вернадский под руководством Докучаева участвует в экспедиции по геолого-почвенному описанию Полтавской губернии, становится приват-доцентом минералогии Московского университета, защищает магистерскую диссертацию, читает лекции. Особенно интересует его происхождение минералов, об их генезисе он пишет статью в Энциклопедию Брокгауза и Ефрона.

Ученики Вернадского вспоминали, что ученый не отличался особым красноречием, зато лекции его были совершенно ясные и точные. Вернадский был высок, ходил стремительно, двигался легко (и легкость эту сохранил до самой старости). Современников поражал взгляд ученого – какой-то особенно лучистый. Уже в молодости создавалось впечатление, что Вернадский смотрит куда-то вдаль, видит то, чего не видят другие. Вот как вспоминает один из современников Владимира Ивановича: «Узкое, точеное лицо, высокий выпуклый лоб ученого, темные волосы с сединой, каскадами поднимавшиеся над ним, поражали и удивляли. Но и они были только фоном для глаз, необычайно чистых, ясных, глубоких, казалось, что в них светился весь облик, вся душа этого необыкновенного человека. Впечатление еще более усиливалось, когда Владимир Иванович начинал говорить. Его голос был такой же, как глаза, – спокойный, ясный, приятный и мягкий, глубоко уходящий в душу». Отмечали, что Вернадский был необычайно вежлив, в споре абсолютно спокоен, несколько застенчив и совершенно не тщеславен.