Подозрения против Азефа высказывались в разное время и разными людьми. Об этом эсеров информировали даже некоторые сотрудники полиции. Но руководство партии – от Гершуни до Савинкова – отнеслось к этому с недоверием. Даже за три месяца до разоблачения Б. Савинков заявил: «Если бы против моего брата было столько улик, сколько их есть против Азефа, я застрелил бы его немедленно. Но в провокацию Ивана я не поверю никогда!» Да и кто бы мог поверить?! В это не поверили даже тогда, когда осенью 1907 года появилось так называемое «саратовское письмо», разоблачавшее провокаторскую роль Азефа. Оно было оглашено на заседании ЦК партии эсеров. Но несмотря на произведенное впечатление, письмо осталось без последствий, а эсер, которому все же поручили рассматривать это дело, вскоре был арестован.

Бурцеву же, издававшему в те годы в Петербурге «Былое», еще в мае 1906 года от одного сотрудника Департамента полиции, сочувствовавшего эсерам, стало известно о провокаторе в руководстве партии, действовавшем под кличкой «Раскин». Сопоставляя различные детали, он пришел к выводу, что Раскин – это Азеф. Но нужны были веские доказательства. И Бурцев их получил, и с самой неожиданной стороны – от бывшего начальника Департамента полиции, который в тот момент являлся эстляндским губернатором. Их разговор состоялся в августе 1908 года в купе поезда, следовавшего из Кельна в Берлин, и продолжался шесть часов. Правда, Лопухин молчал, говорил Бурцев. Когда же до Лопухина дошло, чем занимался секретный агент полиции, будучи главой БО эсеров, и особенно то, что он готовил цареубийство, Лопухин подтвердил Бурцеву, что Раскин и Азеф – одно и то же лицо. По прибытии в Россию он написал письмо своему бывшему однокашнику П. Столыпину с предложением самому премьеру покарать провокатора. Ответом на это письмо было появление на квартире у Лопухина самого Азефа, примчавшегося из Берлина, чтобы заставить того отказаться от своих слов. Это стало ошибкой Азефа, которая усугубилась неудачно подготовленным для него алиби. Лопухин сообщил о неожиданном визитере А. Аргунову, а Азеф же говорил, что в это время он был в Берлине. Но агент Герасимова, который должен был подготовить ему алиби, остановился не в той гостинице, что нужно; и проверка, устроенная эсерами, не подтвердила пребывания Азефа в Берлине.

Для Лопухина встреча с Бурцевым стала роковой. После доклада П. Столыпина царю он был осужден и сослан в Сибирь. Премьер горой встал за Азефа, заявив на слушаньях по этому делу в Государственной Думе: «Обстоятельств, уличающих его в соучастии в каких-либо преступлениях, я, пока мне не дадут других данных, не нахожу». Не верили в предательство Азефа и в революционной среде. Известный террорист-революционер Карпович грозился перестрелять своих товарищей по партии, осмелившихся заподозрить главу БО в службе в полиции. А эсеры для выяснения всех обстоятельств устроили третейский суд над… Бурцевым. Судьями были назначены старые опытные революционеры Г. А. Лопатин, П. А. Кропоткин и В. Н. Фигнер. В. Бурцеву, «как клеветнику», на суде никто из эсеров не подавал руки, а после 17-го заседания суда (всего их было 18) В. Фигнер сказала ему: «Вы ужасный человек, вы оклеветали героя, вам остается только застрелиться!» Бурцев на это ответил: «Я и застрелюсь, если окажется, что Азеф не провокатор».

23 декабря 1908 года на квартиру к Азефу явились В. М. Чернов и Б. В. Савинков и предложили ему «честно обо всем рассказать». Азеф свою связь с полицией отрицал, но в ту же ночь бежал в Париж, хотя не так давно с возмущением написал в ЦК партии: «Оскорбление такое, как оно нанесено мне вами, знайте, не прощается и не забывается. Будет время, когда вы дадите за меня отчет партии и моим близким. В этом я уверен. В настоящее время я счастлив, что чувствую силы с вами, господа, не считаться. Моя работа в прошлом дает мне силы и подымает меня над смрадом и грязью, которой вы окружены теперь и забросали меня». Через два дня после бегства Азефа ЦК партии эсеров объявил его провокатором. Но почему же его не убили товарищи по партии? Ведь в революционной среде не принято было особенно церемониться! Ответ прост: все растерялись. Одни были потрясены, другие отошли от партии, некоторые покончили с собой. А Столыпин, выступая в Государственной Думе, заявил, что если один из главарей революции был, собственно, сотрудником Департамента полиции, то это, конечно, весьма печально, но никак не для правительства, а для революционной партии.