Пять столетий спустя, описывая славу Афин времен Перикла, Плутарх отмечал: «Тем более удивления… заслуживают творения Перикла, что они созданы в короткое время, но для долговременного существования. По красоте своей они с самого начала были старинными, а по блестящей сохранности они доныне свежи, как будто недавно окончены. Они так блещут новизной, будто проникнуты дыханием вечной юности и имеют нестареющую душу!»

Акрополь был прекрасен. Но таким мы его уже никогда не увидим. Многие поколения просвещенных и безграмотных, фанатичных и равнодушных, воинственных и миролюбивых варваров разрушали великое творение Фидия. После того как в IV веке н. э. христианство стало государственной религией Римской империи, памятники Акрополя утратили свое культовое значение, но еще долгое время они хорошо сохранялись. Римляне и византийцы вывозили из Афин статуи, город был даже разграблен готами Алариха, но никто не касался храмов.

Древняя столица Аттики испытала первый удар в начале VI века н. э. Из Парфенона решили сделать христианский храм, и для постройки абсиды серьезно испортили восточный фасад, а в боковых стенах пробили окна. В Эрехтейоне выпотрошили все «внутренности», чтобы превратить его в церковь.

Вред, нанесенный этими перестройками, был велик сам по себе, но затем последовали еще бо́льшие беды: многие скульптуры были изуродованы в неукротимом порыве религиозного иконоборчества. Потом в течение почти тысячи лет на храмы больше не покушались. В Греции сменяли друг друга византийцы и франки, каталонцы и наваррцы, флорентинцы и венецианцы, но здания чудом сохранялись. Их пощадило даже оттоманское нашествие в XV веке, хотя турки превратили Парфенон в мечеть, надстроив сверху минарет, а Эрехтейон приспособили под сераль и гарем военного губернатора.

В XVII веке появились первые серьезные разрушения, это произошло потому, что неприступная скала была центром обороны города. В Пинакотеке, расположенной рядом с Пропилеями, был устроен пороховой погреб. В 1654 году в него попала молния и произошел взрыв. В 1686 году турки снесли маленький храм Афины-Ники, чтобы расчистить бастион и установить на нем пушки. 26 сентября следующего года настала очередь Парфенона. Венецианцы под командованием Франческо Моросини осадили Акрополь, где укрылись турки. Обстреливая крепость, венецианцы попали прямо в Парфенон, превращенный после разрушения Пропилеев в пороховой склад, и взрыв разнес все здание. Крыша взлетела на воздух; большая брешь была пробита в длинных боковых колоннадах, и погибла бо́льшая часть скульптур. Взрыв серьезно повредил и Эрехтейон.

Не удовлетворившись этим «подвигом», Моросини пустился и на другие крайности. Когда турецкий гарнизон сдался и венецианцы овладели Акрополем, он решил отвезти на родину в качестве трофея несколько уцелевших скульптур западного фронтона. Однако когда его саперы грузили огромные глыбы мрамора, канаты оборвались и скульптуры разбились на куски. На следующий год венецианцы отступили из Афин и оставили Акрополь в развалинах.

Турки собрали обломки храмов и скульптур и пустили их на известь. В XVIII веке только в Афинах по меньшей мере три памятника попали в печи: древний мост на реке Илисс, акведук Адриана и ионический храм. Затем истребление древностей охватило всю Грецию. За короткое время сократилось число сохранившихся колонн на Сунионе и в Коринфе, в Олимпии исчезли последние остатки храма Зевса. Путешественники, побывавшие в Афинах в начале XX века, описывали Акрополь как груду развалин.