Он преподавал поэтику, риторику, философию и теологию в Киевской духовной академии. На лекциях предлагал ряд положений Священного Писания толковать аллегорически. Если библейский текст противоречил выводам науки, отдавал предпочтение научным знаниям. Ему покровительствовал Пётр I. Феофан стал его советником и помощником в делах просвещения и подчинения церкви государству.

Однажды в московской Славяно-греко-латинской академии Феофану представили бумаги, доказывающие: студент Ломоносов назвался сыном священника, тогда как сам – из поморских крестьян. А мужикам поступать в высшее учебное заведение возбранялось. Феофан, учинив самозванцу строгий экзамен, сделал вывод: «Пускай о тебе теперь звонят хоть в самый большой московский колокол. Ничего не бойся. Отныне я твоя защита!»

У них были сходные взгляды на природу и познание. Феофан утверждал: «Материю нельзя ни создать, ни разрушить, ни увеличить, ни уменьшить, и какой и в каком количестве она создана, такою останется до сих пор и будет оставаться всегда». А Ломоносов открыл закон сохранения материи.

Феофан ратовал за освобождение научной мысли из-под власти религиозных догм и организовал «Учёную дружину», где обсуждались вопросы культуры, экономики, общественной жизни. Составленный, как считается, Феофаном по указанию Петра I «Духовный регламент», по словам протоиерея Георгия Флоровского, отбирал у церкви самостоятельность, независимость, власть, «ибо государство чувствует и считает себя абсолютным. Именно в этом вбирании всего в себя государственной властью и состоит замысел “полицейского государства”, которое заводит и утверждает в России Петр».

Подъём русской культуры, избавленной от жёсткой опеки церкви, доказал верность избранного Петром I и Феофаном пути. Без этого не было бы на Руси великих учёных. Феофан отметил: «Там, где уже приобретены знания, человеческая вера не имеет места». Он отвергал предрассудки (даже относящиеся к мощам святых), говоря, что отсутствие «света учения» содействует «многим смеха достойным суевериям». Люди, веря в чудеса, доверяют сказкам плутов и лжецов, не умея отличить правду от выдумки.

Законы природы и познания он считал непреложными: никакое чудо не свершится вопреки им. Признавал идею множества обитаемых миров, а оппонентам-богословам ответил: кто отрицает такую возможность, тот сомневается во всемогуществе Божием. По его словам: «В природе существует и живёт Бог» (не пантеизм ли это?).

«С течением времени, – писал он, – возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определённым способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние слои и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных». И в этом Прокопович – предшественник Ломоносова.

У истоков российской науки стоял Пётр Великий, усилиями которого была создана Петербургская академия наук. По государевой воле она стала очагом научного познания и просвещения в России.

«В истории научной работы в России, – писал В.И. Вернадский, – подымается при самом начале личность царя Петра. Он не сделал научных открытий… Но Пётр принадлежит истории науки потому, что он положил прочное начало научной творческой работе нашего общества.

Он действовал здесь как организатор и инициатор научных изысканий, не только давая средства для работы, но и ставя для решения определённые задания. В то же самое время он создавал в нашей стране своей политической деятельностью орудия и возможность научного творчества».