Известно о тесных связях Ди с книготорговцем Арнольдом Биркманном. В своем письме, датированном 1604 годом, Иоганн Радермахер упоминает о встрече Бринкманна и Ди в лавке Биркманна более чем за 40 лет до этого. В 1577 году Ди сообщил картографу Абрахаму Ортелиусу, члену общества фамилистов, что корреспонденция в Антверпен могла бы быть доставлена слугами Биркманна, которого долгое время подозревали в принадлежности к «Семье Любви» (Family of Love) – тайному обществу с несколькими уровнями членства, каковые, очевидно, имели спиритуалистический характер и занять которые могли в равной степени как католики, так и протестанты. Не исключено, что Джон Ди тоже был фамилистом.

В 1583 году Ди реформировал для Англии юлианский календарь и отправился на континент. В 1584 году жил в Праге под покровительством Рудольфа II, императора Священной Римской империи, интересовавшегося герметикой, в 1585 году посетил Краков, где объяснил принципы герметической магии королю Польши Стефану Баторию, а в 1586 году вернулся в Прагу.

Ди вернулся в Англию в 1589 году. За шесть лет его отсутствия библиотека в Мортлэйке, в создание которой Ди вложил столько сил и средств, была частично разворована, многие ценные книги и научные инструменты утрачены.

В течение нескольких лет Ди пытался добиться назначения на какой-нибудь пост и компенсировать материальные потери, понесённые за время путешествий с Келли. Сперва он добивался назначения на должность Магистра Креста Св. Иоанна. Его прошение было одобрено Елизаветой при условии, что своё согласие даст также архиепископ Кентерберийский. Однако Ди так и не получил одобрения тогдашнего архиепископа Джона Уитгифта.

В 1592 году (или 1596) Ди наконец был назначен ректором Колледжа Христа в Манчестере. Однако он с трудом справлялся со своими обязанностями, поскольку находившиеся под его началом коллеги не желали подчиняться «злому волшебнику».

Ди был трижды был женат и имел восемь детей. Его старший сын Артур Ди (1579–1651) также занимался алхимией и герметической философией. И в 1620—1630-х годах был придворным врачом русского царя Михаила Федоровича.

Джон Ди умер 6 марта 1609 года в Мортлэйке и был там похоронен.

Элиас Эшмоул через нескольких десятилетий после смерти Ди сообщил о том, что он был «был опознан как член Братства R.Cr., членом этого Братства… Филиппом Цайглером…». Этот последний, революционный розенкрейцерский пророк, прибыл в Англию в 1626 году и наделал много шума. Однако возможно, что Ди был знаком с Фрэнсисом Тинном, поэтом из лондонского общества «Розы», изучавшим алхимию. В своем дневнике под датой 1 марта 1589 года Ди записал: «Я получил письмо от мистера Тинна».

Значимые связи с розенкрейцерством могли быть установлены через двух слуг Ди. Кук работал на мага с 1567 по 1581 год. Они повздорили и расстались, однако затем помирились, и Кук вернулся на службу к Ди в 1600 году. Оказывается, что в качестве ассистента Корнелиуса Дреббеля, алхимика-изобретателя, пока тот трудился на императора Рудольфа II в Праге вплоть до 1612 года, значился «Роджер Кок». По всей вероятности, это и был «Кук». Дреббель же был видной фигурой среди розенкрейцеров. Приблизительно с 1603 года и вплоть до смерти Ди у него был молодой ученик по имени Патрик Сэндерс, которому после ухода учителя достались некоторые из его манускриптов. Со временем, став сотрудником Лондонского медицинского колледжа, Сэндерс подготовил к печати труд Роджера Бэкона «Epistola… De Secretis Operibus Artis et Naturae», который был опубликован в Гамбурге в 1618 году. Он посвятил это издание братству розенкрейцеров.