Казалось, ничто не угрожало благополучию Александра Политковского. Его покровитель, генерал Чернышев, в 1848 году был назначен председателем Государственного совета. За все время пребывания Чернышева на посту военного министра Государственный контроль ни разу не проверил отчетность комитета о раненых. Кассу комитета и отчетную документацию проверяли только аудиторы самого министерства. У них претензий никогда не возникало.

Проблемы у Политковского начались лишь в конце 1852 года в связи с отставкой Чернышева от должности министра. Передача дел требовала проверки всего министерства, находившегося под управлением одного человека двадцать лет. Теперь никто не мог защитить Политковского от ревизии Государственного контроля.

В канун 1853 года аудиторы неожиданно пришли в комитета о раненых и изъяли для проверки кассовые книги. Они обнаружили недостачу в 10 тыс. рублей. Разгневанный Политковский обвинил Государственный контроль в умышленном манипулировании цифрами; дескать, годовой баланс на момент проверки сверстан не был, а отсутствие кассовых книг, изъятых проверяющими, не позволяет этого сделать. А без сведения баланса говорить о недостаче нельзя, поскольку деньги постоянно находятся в движении. Он запретил аудиторам входить в помещения комитета до тех пор, пока они не вернут кассовые книги. В свою очередь, аудиторы добивались допуска для проверки всех финансовых документов. Политковский, ссылаясь на материалы внутренних проверок министерства, доказывал, что такая масштабная проверка остановит работу комитета.

В Военном министерстве никто не допускал умышленной кражи «инвалидных денег». Если Политковский и в самом деле был виновен в пропаже денег, он мог спокойно возместить недостачу из своих средств, и все на этом бы закончилось. Но аудиторы, подозревая, что в случае возврата кассовых книг в них будут сделаны исправления, призванные подогнать результат к правильной цифре, отказались вернуть документы в комитет. Фактически, бухгалтерия комитета оказалась под арестом и не могла продолжать работу. Между Государственным контролем и комитетом о раненых возникла переписка о путях выхода из сложившегося тупика.

В течение января 1853 года шла официальная переписка по этому вопросу, конец которой положил председатель комитета о раненых генерал-адъютант Ушаков, заявивший, что проверка должна пройти в полном объеме. Политковский был вынужден подчиниться, но попросил день для подготовки к встрече проверяющих. Генерал ему в этом отказал.

Проверка была назначена на 30 января 1853 года, но утром Политковский известил запиской, что заболел и не может явиться на службу. Ключи от архива и кассы находились у него. Аудиторы сообщили генералу Ушакову, что взломают замки, если им не обеспечат допуск к финансовым документам. Председатель комитета отправил к Политковскому курьера с письмом, в котором обязал директора канцелярии либо явиться на службу, либо передать дежурному офицеру ключи. Утром следующего дня стало известно, что Александр Политковский скончался.

В столице скандал с проверкой кассы комитета живо обсуждался. Политковского жалели, к его телу началось настоящее паломничество ветеранов и инвалидов, которые считали себя обязанными этому прекрасному человеку. О причинах смерти говорили разное. Политковский был гипертоником и часто жаловался на сердце. Вместе с тем появилась версия о самоубийстве ядом.

Утром 3 февраля начальник счетного отделения комитета о раненых Тараканов и казначей Рыбкин сами пришли к начальнику комитета генералу Ушакову и сделали заявление о существующей в инвалидном фонде недостаче. Во всех грехах они обвинили Политковского, побуждавшего их к подлогу; в поданной генерал-адъютанту докладной записке обосновывалась величина похищенного – до 1 млн 100 тыс. рублей серебром.