Комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов – в степь, а Рунич – в Пензу, на доклад графу Панину. Главнокомандующий «низовым» краем сообщил Руничу, что в ближайшие дни перенесет свою штаб-квартиру в Симбирск, и предложил именно туда доставить Пугачева.
Но Секретную комиссию опередили. 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки генералу Александру Васильевичу Суворову. С этого момента необходимость в Секретной комиссии отпала. Выполняя приказ Галахова, поручик Дидрих догнал Трифонова на симбирской дороге и сообщил ему, что Пугачев пленен и они вместе должны прибыть в Симбирск.
По пути отряд заночевал в деревне. Утром Дидрих обнаружил, что Остафий Трифонов исчез, прихватив три тысячи рублей казенных денег. Лошадь его была на месте, поэтому Дидрих и казаки сначала искали Трифонова в деревне и лишь потом бросились к тракту. Местный староста отрядил сотских и десятских старшин с крестьянами для поисков в соседних селениях и на проселочных дорогах. Но Трифонова словно след простыл.
Поручик Дидрих отправился в Симбирск. На четвертый день после бегства Трифонова туда же прибыли Галахов и Рунич. К сожалению, поручика в живых они не застали: тот скончался накануне «от разрыва сердца» – сказались переживания минувших дней.
При расследовании преступлений Пугачева члены сыскных комиссий пристальное внимание уделяли связям бунтовщиков со столицами и иностранцами. Афанасий Перфильев, ближайший помощник Пугачева, на допросе в Яицком городке, показал, что к восставшим приезжал гонец от Великого князя Павла Петровича и уверял Пугачева в полной поддержке его мятежа. Перфильев дал описание этого человека: «…башкир привез к Пугачеву какого-то купца-старика; росту он был среднего, лицом сухощав и рябоват, волосы – темно-русые с сединою, говоря пришамкивает, а лет ему около шестидесяти. Пред всем войском Пугачев заявил, что этот старик прислан от Великого князя Павла Петровича к нему с письмом».
Упомянутый в показаниях Перфильева башкирец был не кто иной, как плененный еще в августе 1774 года Канзафар Усаев – один из самых жестоких сподвижников мятежника. Канзафар рассказал, что действительно привозил в лагерь Пугачева некоего петербургского купца, который лично знал Петра III, поскольку занимался поставкой сена в дворцовые конюшни. Купец этот якобы был уполномочен цесаревичем Павлом Петровичем познакомиться с главарем восставших, дабы убедиться в том, что это именно император Петр III.
Наконец, сам Пугачев показал на допросе, что в его лагерь являлся посыльный цесаревича, был им обласкан и впоследствии отпущен обратно в столицу. Он хотел привлечь на свою сторону наследника и чтобы произвести своей щедростью впечатление на гонца, вручил тому при отъезде три тысячи рублей. Пугачев назвал имя и фамилию человека, приехавшего от наследника – Осташка Долгополов, из ржевских купцов.
Осенью 1774 года совершенно неожиданно гонец цесаревича был опознан рядовыми мятежниками в Казанской тюрьме. Один из яицких казаков, задержанный в окрестностях Казани без паспорта, и был тем самым Остафием Долгополовым, с которым так хотели пообщаться члены Секретной следственной комиссии. И можно понять их удивление, когда в доставленном для допроса Долгополове они узнали… того самого Трифонова, сбежавшего с казенными деньгами от поручика Дидриха! Задержанный дал показания перед следственной комиссией в Москве.
Остафий Трифонович Долгополов, выдаваший себя за посыльного цесаревича, происходил из купцов города Ржева. Он родился в 1720 году. По делам торговли много путешествовал по России, часто бывал в Санкт-Петербурге. Одно время поставлял овес для конюшни будущего императора Петра III. Разорился на винных откупах и, не погасив долгов, скрылся. Весть о мятеже Пугачева окрылила Долгополова: продав в Москве партию краски, в марте 1774 года он отправился в Казань, где купил на 500 рублей шляпу с золотым позументом, «сапоги, строченные мишурой», перчатки, шитые шелком. Кроме того, Остафий имел при себе четыре драгоценных камня, которые вместе с одеждой хотел преподнести Пугачеву как подарок цесаревича Павла отцу Петру III.